source: branches/autoquest-core-tasktrees-alignment/src/main/java/de/ugoe/cs/autoquest/tasktrees/temporalrelation/SequenceForTaskDetectionRuleAlignment.java @ 1687

Last change on this file since 1687 was 1687, checked in by rkrimmel, 10 years ago

Comments from patrick
File size: 23.9 KB
Line 
1//   Copyright 2012 Georg-August-Universität Göttingen, Germany
2//
3//   Licensed under the Apache License, Version 2.0 (the "License");
4//   you may not use this file except in compliance with the License.
5//   You may obtain a copy of the License at
6//
7//       http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0
8//
9//   Unless required by applicable law or agreed to in writing, software
10//   distributed under the License is distributed on an "AS IS" BASIS,
11//   WITHOUT WARRANTIES OR CONDITIONS OF ANY KIND, either express or implied.
12//   See the License for the specific language governing permissions and
13//   limitations under the License.
14
15package de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.temporalrelation;
16
17import java.util.ArrayList;
18import java.util.Collections;
19import java.util.Comparator;
20import java.util.HashMap;
21import java.util.HashSet;
22import java.util.Iterator;
23import java.util.LinkedList;
24import java.util.List;
25import java.util.Map;
26import java.util.Set;
27import java.util.logging.Level;
28
29import de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.alignment.algorithms.Match;
30import de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.alignment.algorithms.MatchOccurence;
31import de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.alignment.algorithms.NumberSequence;
32import de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.alignment.matrix.PairwiseAlignmentGenerator;
33import de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.alignment.matrix.PairwiseAlignmentStorage;
34import de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.alignment.matrix.ObjectDistanceSubstitionMatrix;
35import de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.taskequality.TaskEquality;
36import de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.treeifc.IIteration;
37import de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.treeifc.IIterationInstance;
38import de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.treeifc.IOptional;
39import de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.treeifc.ISelection;
40import de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.treeifc.ISelectionInstance;
41import de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.treeifc.ISequence;
42import de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.treeifc.ISequenceInstance;
43import de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.treeifc.ITask;
44import de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.treeifc.ITaskBuilder;
45import de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.treeifc.ITaskFactory;
46import de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.treeifc.ITaskInstance;
47import de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.treeifc.IUserSession;
48import de.ugoe.cs.autoquest.usageprofiles.SymbolMap;
49import de.ugoe.cs.util.StopWatch;
50import de.ugoe.cs.util.console.Console;
51
52/**
53 * <p>
54 * This class implements the major rule for creating task trees based on a set
55 * of recorded user sessions. For this, it first harmonizes all tasks. This
56 * eases later comparison. Then it searches the sessions for iterations and
57 * replaces them accordingly. Then it searches for sub sequences being the
58 * longest and occurring most often. For each found sub sequence, it replaces
59 * the occurrences by creating appropriate {@link ISequence}s. Afterwards, again
60 * searches for iterations and then again for sub sequences until no more
61 * replacements are done.
62 * </p>
63 * <p>
64 *
65 *
66 * @author Patrick Harms
67 */
68class SequenceForTaskDetectionRuleAlignment implements ISessionScopeRule {
69
70       
71        private int iteration = 0;
72        /**
73         * <p>
74         * the task factory to be used for creating substructures for the temporal
75         * relationships identified during rul application
76         * </p>
77         */
78        private ITaskFactory taskFactory;
79        /**
80         * <p>
81         * the task builder to be used for creating substructures for the temporal
82         * relationships identified during rule application
83         * </p>
84         */
85        private ITaskBuilder taskBuilder;
86
87        /**
88         * <p>
89         * the task handling strategy to be used for comparing tasks for
90         * preparation, i.e., before the tasks are harmonized
91         * </p>
92         */
93        private TaskHandlingStrategy preparationTaskHandlingStrategy;
94
95        /**
96         * <p>
97         * the task handling strategy to be used for comparing tasks during
98         * iteration detection i.e., after the tasks are harmonized
99         * </p>
100         */
101        private TaskHandlingStrategy identityTaskHandlingStrategy;
102
103        /**
104         * <p>
105         * instantiates the rule and initializes it with a task equality to be
106         * considered when comparing tasks as well as a task factory and builder to
107         * be used for creating task structures.
108         * </p>
109         *
110         * @param minimalTaskEquality
111         *            the task equality to be considered when comparing tasks
112         * @param taskFactory
113         *            the task factory to be used for creating substructures
114         * @param taskBuilder
115         *            the task builder to be used for creating substructures
116         */
117
118        SequenceForTaskDetectionRuleAlignment(TaskEquality minimalTaskEquality,
119                        ITaskFactory taskFactory, ITaskBuilder taskBuilder) {
120                this.taskFactory = taskFactory;
121                this.taskBuilder = taskBuilder;
122
123                this.preparationTaskHandlingStrategy = new TaskHandlingStrategy(
124                                minimalTaskEquality);
125                this.identityTaskHandlingStrategy = new TaskHandlingStrategy(
126                                TaskEquality.IDENTICAL);
127
128        }
129
130        /*
131         * (non-Javadoc)
132         *
133         * @see java.lang.Object#toString()
134         */
135        @Override
136        public String toString() {
137                return "SequenceForTaskDetectionRuleAlignment";
138        }
139
140        /*
141         * (non-Javadoc)
142         *
143         * @see
144         * de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.temporalrelation.ISessionScopeRule#apply
145         * (java.util.List)
146         */
147        @Override
148        public RuleApplicationResult apply(List<IUserSession> sessions) {
149                RuleApplicationData appData = new RuleApplicationData(sessions);
150                harmonizeEventTaskInstancesModel(appData);
151               
152                do {
153                        iteration++;
154                        appData.detectedAndReplacedTasks = false;
155                       
156                        appData.getStopWatch().start("whole loop");
157                        detectAndReplaceIterations(appData);
158                        appData.getStopWatch().start("task replacement");
159                        detectAndReplaceTasks(appData); //
160                        appData.getStopWatch().stop("task replacement");
161                        appData.getStopWatch().stop("whole loop");
162                        appData.getStopWatch().dumpStatistics(System.out);
163                        appData.getStopWatch().reset();
164
165                } while (appData.detectedAndReplacedTasks());
166
167                Console.println("created "
168                                + appData.getResult().getNewlyCreatedTasks().size()
169                                + " new tasks and "
170                                + appData.getResult().getNewlyCreatedTaskInstances().size()
171                                + " appropriate instances\n");
172
173                if ((appData.getResult().getNewlyCreatedTasks().size() > 0)
174                                || (appData.getResult().getNewlyCreatedTaskInstances().size() > 0)) {
175                        appData.getResult().setRuleApplicationStatus(
176                                        RuleApplicationStatus.FINISHED);
177                }
178
179                return appData.getResult();
180        }
181
182        private ArrayList<NumberSequence> createNumberSequences(
183                        RuleApplicationData appData) {
184                ArrayList<NumberSequence> result = new ArrayList<NumberSequence>();
185                for (int i = 0; i < appData.getSessions().size(); i++) {
186                        IUserSession session = appData.getSessions().get(i);
187                        NumberSequence templist = new NumberSequence(session.size());
188                        for (int j = 0; j < session.size(); j++) {
189                                ITaskInstance taskInstance = session.get(j);
190                                //System.out.print(taskInstance.getTask().getId() + " ");
191                                templist.getSequence()[j] = taskInstance.getTask().getId();
192                                appData.getNumber2Task().put(templist.getSequence()[j],
193                                                taskInstance.getTask());
194                        }
195                        //System.out.println();
196                        // Each NumberSequence is identified by its id, beginning to count
197                        // at zero
198                        templist.setId(i);
199                        result.add(templist);
200                }
201                return result;
202        }
203
204        /**
205         * <p>
206         * harmonizes the event task instances by unifying tasks. This is done, as
207         * initially the event tasks being equal with respect to the considered task
208         * equality are distinct objects. The comparison of these distinct objects
209         * is more time consuming than comparing the object references.
210         * </p>
211         *
212         * @param appData
213         *            the rule application data combining all data used for applying
214         *            this rule
215         * @return Returns the unique tasks symbol map
216         */
217        private void harmonizeEventTaskInstancesModel(RuleApplicationData appData) {
218                Console.traceln(Level.INFO,
219                                "harmonizing task model of event task instances");
220                appData.getStopWatch().start("harmonizing event tasks");
221
222                appData.uniqueTasks = preparationTaskHandlingStrategy.createSymbolMap();
223
224                TaskInstanceComparator comparator = preparationTaskHandlingStrategy
225                                .getTaskComparator();
226
227                int unifiedTasks = 0;
228                ITask task;
229                List<IUserSession> sessions = appData.getSessions();
230                for (int j = 0; j < sessions.size(); j++) {
231                        IUserSession session = sessions.get(j);
232
233                        for (int i = 0; i < session.size(); i++) {
234                                ITaskInstance taskInstance = session.get(i);
235                                task = appData.getUniqueTasks().getValue(taskInstance);
236
237                                if (task == null) {
238                                        appData.getUniqueTasks().addSymbol(taskInstance,
239                                                        taskInstance.getTask());
240                                } else {
241                                        taskBuilder.setTask(taskInstance, task);
242                                        unifiedTasks++;
243                                }
244                        }
245                        comparator.clearBuffers();
246                }
247
248                appData.getStopWatch().stop("harmonizing event tasks");
249                Console.traceln(Level.INFO, "harmonized " + unifiedTasks
250                                + " task occurrences (still " + appData.getUniqueTasks().size()
251                                + " different tasks)");
252
253                appData.getStopWatch().dumpStatistics(System.out);
254                appData.getStopWatch().reset();
255        }
256
257        /**
258         * <p>
259         * searches for direct iterations of single tasks in all sequences and
260         * replaces them with {@link IIteration}s, respectively appropriate
261         * instances. Also all single occurrences of a task that is iterated
262         * somewhen are replaced with iterations to have again an efficient way for
263         * task comparisons.
264         * </p>
265         *
266         * @param appData
267         *            the rule application data combining all data used for applying
268         *            this rule
269         */
270        private void detectAndReplaceIterations(RuleApplicationData appData) {
271                Console.traceln(Level.FINE, "detecting iterations");
272                appData.getStopWatch().start("detecting iterations");
273
274                List<IUserSession> sessions = appData.getSessions();
275
276                Set<ITask> iteratedTasks = searchIteratedTasks(sessions);
277
278                if (iteratedTasks.size() > 0) {
279                        replaceIterationsOf(iteratedTasks, sessions, appData);
280                }
281
282                appData.getStopWatch().stop("detecting iterations");
283                Console.traceln(Level.INFO, "replaced " + iteratedTasks.size()
284                                + " iterated tasks");
285        }
286
287        /**
288         * <p>
289         * searches the provided sessions for task iterations. If a task is
290         * iterated, it is added to the returned set.
291         * </p>
292         *
293         * @param the
294         *            session to search for iterations in
295         *
296         * @return a set of tasks being iterated somewhere
297         */
298        private Set<ITask> searchIteratedTasks(List<IUserSession> sessions) {
299                Set<ITask> iteratedTasks = new HashSet<ITask>();
300                for (IUserSession session : sessions) {
301                        for (int i = 0; i < (session.size() - 1); i++) {
302                                // we prepared the task instances to refer to unique tasks, if
303                                // they are treated
304                                // as equal. Therefore, we just compare the identity of the
305                                // tasks of the task
306                                // instances
307                                if (session.get(i).getTask() == session.get(i + 1).getTask()) {
308                                        iteratedTasks.add(session.get(i).getTask());
309                                }
310                        }
311                }
312                return iteratedTasks;
313        }
314
315        /**
316         * <p>
317         * replaces all occurrences of all tasks provided in the set with iterations
318         * </p>
319         *
320         * @param iteratedTasks
321         *            the tasks to be replaced with iterations
322         * @param sessions
323         *            the sessions in which the tasks are to be replaced
324         * @param appData
325         *            the rule application data combining all data used for applying
326         *            this rule
327         */
328        private void replaceIterationsOf(Set<ITask> iteratedTasks,
329                        List<IUserSession> sessions, RuleApplicationData appData) {
330                Map<ITask, IIteration> iterations = new HashMap<ITask, IIteration>();
331                Map<IIteration, List<IIterationInstance>> iterationInstances = new HashMap<IIteration, List<IIterationInstance>>();
332
333                for (ITask iteratedTask : iteratedTasks) {
334
335                        // TODO: Check if this is correct
336                        IIteration iteration = taskFactory.createNewIteration();
337                        appData.getUniqueTasks().addSymbol(
338                                        taskFactory.createNewTaskInstance(iteration), iteration);
339                        appData.getNumber2Task().put(iteration.getId(), iteration);
340                        iterations.put(iteratedTask, iteration);
341                        iterationInstances.put(iteration,
342                                        new LinkedList<IIterationInstance>());
343                }
344
345                IIterationInstance iterationInstance;
346
347                for (IUserSession session : sessions) {
348                        int index = 0;
349                        iterationInstance = null;
350
351                        while (index < session.size()) {
352                                // we prepared the task instances to refer to unique tasks, if
353                                // they are treated
354                                // as equal. Therefore, we just compare the identity of the
355                                // tasks of the task
356                                // instances
357                                ITask currentTask = session.get(index).getTask();
358                                IIteration iteration = iterations.get(currentTask);
359                                if (iteration != null) {
360                                        if ((iterationInstance == null)
361                                                        || (iterationInstance.getTask() != iteration)) {
362                                                iterationInstance = taskFactory
363                                                                .createNewTaskInstance(iteration);
364                                                iterationInstances.get(iteration)
365                                                                .add(iterationInstance);//TODO:: Don't create TaskInstances here, use a set of tasks instead
366                                                taskBuilder.addTaskInstance(session, index,
367                                                                iterationInstance);
368                                                index++;
369                                        }
370
371                                        taskBuilder.addChild(iterationInstance, session.get(index));
372                                        taskBuilder.removeTaskInstance(session, index);
373                                } else {
374                                        if (iterationInstance != null) {
375                                                iterationInstance = null;
376                                        }
377                                        index++;
378                                }
379                        }
380                }
381        }
382
383        ISequence matchAsSequence(RuleApplicationData appData, Match m) {
384
385                ISequence sequence = taskFactory.createNewSequence();
386
387                int[] first = m.getFirstSequence().getSequence();
388                int[] second = m.getSecondSequence().getSequence();
389
390                // Both sequences of a match are equally long
391                for (int i = 0; i < m.getFirstSequence().size(); i++) {
392
393                        // Two gaps aligned to each other: Have not seen it happening so
394                        // far, just to handle it
395                        if (first[i] == -1 && second[i] == -1) {
396                                // TODO: Do nothing?
397                        }
398                        // Both events are equal, we can simply add the task referring to
399                        // the number
400                        else if (first[i] == second[i]) {
401                                taskBuilder.addChild(sequence,
402                                                appData.getNumber2Task().get(first[i]));
403                        }
404                        // We have a gap in the first sequence, we need to add the task of
405                        // the second sequence as optional
406                        else if (first[i] == -1 && second[i] != -1) {
407                                IOptional optional = taskFactory.createNewOptional();
408                                appData.uniqueTasks.addSymbol(
409                                                //TODO:: Don't create TaskInstances here, use a set of tasks instead
410                                                taskFactory.createNewTaskInstance(optional), optional);
411                                appData.number2task.put(optional.getId(), optional);
412                                taskBuilder.setMarkedTask(optional, appData.getNumber2Task()
413                                                .get(second[i]));
414                                taskBuilder.addChild(sequence, optional);
415                        }
416                        // We have a gap in the second sequence, we need to add the task of
417                        // the first sequence as optional
418                        else if (first[i] != -1 && second[i] == -1) {
419                                IOptional optional = taskFactory.createNewOptional();
420                                //TODO:: Don't create TaskInstances here, use a set of tasks instead
421                                appData.uniqueTasks.addSymbol(
422                                                taskFactory.createNewTaskInstance(optional), optional);
423                                appData.number2task.put(optional.getId(), optional);
424                                taskBuilder.setMarkedTask(optional, appData.getNumber2Task()
425                                                .get(first[i]));
426                                taskBuilder.addChild(sequence, optional);
427                        }
428                        // Both tasks are not equal, we need to insert a selection here
429                        else {
430                                //TODO: Debug output
431                                //System.out.println("First: " + first[i] + " Second: " + second[i]);
432                                ISelection selection = taskFactory.createNewSelection();
433                                //TODO:: Don't create TaskInstances here, use a set of tasks instead
434                                ISelectionInstance temp = taskFactory.createNewTaskInstance(selection);
435                                appData.uniqueTasks
436                                                .addSymbol(temp,selection);
437                                appData.number2task.put(selection.getId(), selection);
438                                taskBuilder.addChild(selection,
439                                                appData.getNumber2Task().get(first[i]));
440                                taskBuilder.addChild(selection,
441                                                appData.getNumber2Task().get(second[i]));
442                                taskBuilder.addChild(sequence, selection);
443                        }
444                }
445
446                // TODO: Debug output
447                /*
448                 * for (int i =0;i<sequence.getChildren().size();i++) {
449                 * System.out.println(sequence.getChildren().get(i));
450                 *
451                 * if(sequence.getChildren().get(i).getType() == "selection") { for(int
452                 * j=0; j< ((ISelection)
453                 * sequence.getChildren().get(i)).getChildren().size();j++) {
454                 * System.out.println("\t" +((ISelection)
455                 * sequence.getChildren().get(i)).getChildren().get(j)); } } }
456                 */
457                return sequence;
458        }
459
460
461        /**
462         *
463         * @param appData
464         *            the rule application data combining all data used for applying
465         *            this rule
466         */
467        private void detectAndReplaceTasks(RuleApplicationData appData) {
468                Console.traceln(Level.FINE, "detecting and replacing tasks");
469                appData.getStopWatch().start("detecting tasks");
470
471                // Create NumberSequences
472                appData.setNumberSequences(this.createNumberSequences(appData));
473
474                // Generate a substitution matrix between all occurring events.
475                Console.traceln(Level.INFO, "generating substitution matrix");
476                ObjectDistanceSubstitionMatrix submat = new ObjectDistanceSubstitionMatrix(
477                                appData.getUniqueTasks(), 6, -3);
478                submat.generate();
479
480                // Generate pairwise alignments
481                Console.traceln(Level.INFO, "generating pairwise alignments");
482                LinkedList<Match> matchseqs = new LinkedList<Match>();
483                PairwiseAlignmentStorage alignments = PairwiseAlignmentGenerator
484                                .generate(appData.getNumberSequences(), submat, 9);
485
486                // Retrieve all matches reached a specific threshold
487                Console.traceln(Level.INFO, "retrieving significant sequence pieces");
488                for (int i = 0; i < appData.getNumberSequences().size(); i++) {
489                        Console.traceln(
490                                        Level.FINEST,
491                                        "retrieving significant sequence pieces:  "
492                                                        + Math.round((float) i
493                                                                        / (float) appData.getNumberSequences()
494                                                                                        .size() * 100) + "%");
495                        for (int j = 0; j < appData.getNumberSequences().size(); j++) {
496                                if (i != j) {
497                                        matchseqs.addAll(alignments.get(i, j).getMatches());
498                                }
499                        }
500                }
501               
502                Console.traceln(Level.FINEST,
503                                "retrieving significant sequence pieces:  100%");
504                Console.traceln(Level.INFO, "searching for patterns occuring most");
505
506                // search each match in every other sequence
507                for (Iterator<Match> it = matchseqs.iterator(); it.hasNext();) {
508                        Match pattern = it.next();
509
510                        // Skip sequences with more 0 events (scrolls) than other events.
511                        // Both of the pattern sequences are equally long, so the zero
512                        // counts just need to be smaller than the length of one sequence
513                        if (pattern.getFirstSequence().eventCount(0)
514                                        + pattern.getSecondSequence().eventCount(0) + 1 > pattern
515                                        .getFirstSequence().size())
516                                continue;
517
518                        for (int j = 0; j < appData.getNumberSequences().size(); j++) {
519                                LinkedList<Integer> startpositions = appData
520                                                .getNumberSequences().get(j).containsPattern(pattern);
521                                if (startpositions.size() > 0) {
522                                        for (Iterator<Integer> jt = startpositions.iterator(); jt
523                                                        .hasNext();) {
524                                                int start = jt.next();
525                                                pattern.addOccurence(new MatchOccurence(start, start
526                                                                + pattern.size(), j));
527                                        }
528
529                                }
530                        }
531                }
532
533                Console.traceln(Level.INFO, "sorting results");
534                // Sort results to get the most occurring results
535                Comparator<Match> comparator = new Comparator<Match>() {
536                        public int compare(Match m1, Match m2) {
537                                return m2.occurenceCount() - m1.occurenceCount();
538
539                        }
540                };
541                Collections.sort(matchseqs, comparator);
542                appData.getStopWatch().stop("detecting tasks");
543
544                appData.getStopWatch().start("replacing tasks");
545                HashMap<Integer, List<MatchOccurence>> replacedOccurences = new HashMap<Integer, List<MatchOccurence>>();
546                // Replace matches in the sessions
547                for (int i = 0; i < matchseqs.size(); i++) {
548                        // Every pattern consists of 2 sequences, therefore the minimum
549                        // occurrences here is 2.
550                        // We just need the sequences also occurring in other sequences as
551                        // well
552                        if (matchseqs.get(i).occurenceCount() > 2) {
553                               
554                                appData.detectedAndReplacedTasks = true;
555                                ISequence task = matchAsSequence(appData, matchseqs.get(i));
556                                invalidOccurence: for (Iterator<MatchOccurence> it = matchseqs
557                                                .get(i).getOccurences().iterator(); it.hasNext();) {
558                                        MatchOccurence oc = it.next();
559
560                                        if(iteration==-1) {
561                                          System.out.println("Trying to replace sequence: ");
562                                          matchseqs.get(i).getFirstSequence().printSequence();
563                                          matchseqs.get(i).getSecondSequence().printSequence();
564                                          System.out.println(" in session number: " +
565                                          (oc.getSequenceId() + 1) + " at position " +
566                                          (oc.getStartindex()) + "-" + oc.getEndindex());
567                                          System.out.println();
568                                         
569
570                                          System.out.println("Printing session: ");
571                                         for (int j = 0; j <
572                                        appData.getSessions().get(oc.getSequenceId()).size();
573                                         j++) {
574                                         System.out.println(j + ": "
575                                         + appData.getSessions().get(oc.getSequenceId()).get(j));
576                                         }
577                                        }
578
579                                        // Check if nothing has been replaced in the sequence we
580                                        // want to replace
581                                        if (replacedOccurences.get(oc.getSequenceId()) == null) {
582                                                replacedOccurences.put(oc.getSequenceId(),
583                                                                new LinkedList<MatchOccurence>());
584                                        } else {
585                                                // check if we have any replaced occurence with indexes
586                                                // smaller than ours. If so, we need to adjust our start
587                                                // and endpoints
588                                                // of the replacement.
589                                                // Also do a check if we have replaced this specific
590                                                // MatchOccurence in this sequence already. Jump to the
591                                                // next occurence if this is the case.
592                                                // This is no more neccessary once the matches are
593                                                // harmonized.
594                                                for (Iterator<MatchOccurence> jt = replacedOccurences
595                                                                .get(oc.getSequenceId()).iterator(); jt
596                                                                .hasNext();) {
597                                                        MatchOccurence tmpOC = jt.next();
598
599                                                        if (oc.getStartindex() >= tmpOC.getStartindex()
600                                                                        && oc.getStartindex() <= tmpOC
601                                                                                        .getEndindex()) {
602                                                                continue invalidOccurence;
603                                                        }
604                                                        if (oc.getEndindex() >= tmpOC.getStartindex()) {
605                                                                continue invalidOccurence;
606
607                                                        } else if (oc.getStartindex() > tmpOC.getEndindex()) {
608                                                                int diff = tmpOC.getEndindex()
609                                                                                - tmpOC.getStartindex();
610                                                                // Just to be sure.
611                                                                if (diff > 0) {
612                                                                        oc.setStartindex(oc.getStartindex() - diff
613                                                                                        + 1);
614                                                                        oc.setEndindex(oc.getEndindex() - diff + 1);
615                                                                } else {
616                                                                        Console.traceln(Level.WARNING,
617                                                                                        "End index of a Match before start. This should never happen");
618                                                                }
619                                                        }
620                                                }
621                                        }
622                                        ISequenceInstance sequenceInstances = RuleUtils
623                                                        .createNewSubSequenceInRange(appData.getSessions()
624                                                                        .get(oc.getSequenceId()), oc
625                                                                        .getStartindex(), oc.getEndindex(), task,
626                                                                        taskFactory, taskBuilder);
627                                        // Adjust the length of the match regarding to the length of
628                                        // instance. (OptionalInstances may be shorter)
629                                        oc.setEndindex(oc.getStartindex()
630                                                        + sequenceInstances.size()
631                                                        - RuleUtils.missedOptionals);
632                                        replacedOccurences.get(oc.getSequenceId()).add(oc);
633                                }
634                        }
635                }
636
637                alignments = null;
638                matchseqs = null;
639                appData.getStopWatch().stop("replacing tasks");
640        }
641
642       
643
644        /**
645     *
646     */
647        private static class RuleApplicationData {
648
649                private HashMap<Integer, ITask> number2task;
650
651                private SymbolMap<ITaskInstance, ITask> uniqueTasks;
652
653                private ArrayList<NumberSequence> numberseqs;
654
655                /**
656         *
657         */
658                private List<IUserSession> sessions;
659
660                /**
661         *
662         */
663                private boolean detectedAndReplacedTasks;
664
665                /**
666         *
667         */
668                private RuleApplicationResult result;
669
670                /**
671         *
672         */
673                private StopWatch stopWatch;
674
675                /**
676         *
677         */
678                private RuleApplicationData(List<IUserSession> sessions) {
679                        this.sessions = sessions;
680                        numberseqs = new ArrayList<NumberSequence>();
681                        number2task = new HashMap<Integer, ITask>();
682                        stopWatch = new StopWatch();
683                        result = new RuleApplicationResult();
684                }
685
686                /**
687                 * @return the tree
688                 */
689                private List<IUserSession> getSessions() {
690                        return sessions;
691                }
692
693                private SymbolMap<ITaskInstance, ITask> getUniqueTasks() {
694                        return uniqueTasks;
695                }
696
697                // private void setUniqueTasks(SymbolMap<ITaskInstance, ITask> ut) {
698                // this.uniqueTasks = ut;
699                // }
700
701                private void setNumberSequences(ArrayList<NumberSequence> numberseqs) {
702                        this.numberseqs = numberseqs;
703                }
704
705                private ArrayList<NumberSequence> getNumberSequences() {
706                        return numberseqs;
707                }
708
709                /**
710         *
711         */
712                private boolean detectedAndReplacedTasks() {
713                        return detectedAndReplacedTasks;
714                }
715
716                /**
717                 * @return the result
718                 */
719                private RuleApplicationResult getResult() {
720                        return result;
721                }
722
723                /**
724                 * @return the stopWatch
725                 */
726                private StopWatch getStopWatch() {
727                        return stopWatch;
728                }
729
730                private HashMap<Integer, ITask> getNumber2Task() {
731                        return number2task;
732                }
733
734        }
735
736}
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.