source: branches/ralph/src/main/java/de/ugoe/cs/autoquest/tasktrees/alignment/substitution/ObjectDistanceSubstitionMatrix.java @ 1555

Last change on this file since 1555 was 1555, checked in by rkrimmel, 10 years ago

Smith waterman working again

File size: 3.5 KB
Line 
1package de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.alignment.substitution;
2
3import java.util.ArrayList;
4import java.util.Collection;
5import java.util.HashMap;
6import java.util.Iterator;
7
8import de.ugoe.cs.autoquest.eventcore.guimodel.GUIModel;
9import de.ugoe.cs.autoquest.eventcore.guimodel.IGUIElement;
10
11import java.util.List;
12
13import de.ugoe.cs.autoquest.eventcore.Event;
14import de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.alignment.algorithms.AlignmentHelpers;
15import de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.treeifc.IEventTaskInstance;
16import de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.treeifc.ITask;
17import de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.treeifc.ITaskInstance;
18import de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.treeifc.IUserSession;
19import de.ugoe.cs.autoquest.usageprofiles.SymbolMap;
20import de.ugoe.cs.util.console.GlobalDataContainer;
21
22public class ObjectDistanceSubstitionMatrix implements SubstitutionMatrix {
23
24        // private ArrayList<int[][]> matrix;
25        HashMap<Integer, Integer> idmapping;
26        private TriangleMatrix matrix;
27        private SymbolMap<ITaskInstance, ITask> uniqueTasks;
28        private float gapPenalty;
29        private float positiveThreshold;
30       
31        public ObjectDistanceSubstitionMatrix(
32                        SymbolMap<ITaskInstance, ITask> uniqueTasks) {
33                this.uniqueTasks = uniqueTasks;
34                idmapping = new HashMap<Integer, Integer>();
35                matrix = new TriangleMatrix(uniqueTasks.size()+1);
36                gapPenalty = -10;
37                //Todo: Calculate this value (the mean distance between every element) before
38                positiveThreshold =7;
39        }
40
41        @Override
42        public float getGapPenalty() {
43                return gapPenalty;
44        }
45
46        @Override
47        public void generate() {
48                int index = 0;
49                float meandistance = 0;
50                for (Iterator<ITaskInstance> it = uniqueTasks.getSymbols().iterator(); it
51                                .hasNext();) {
52                        Object obj1 = it.next();
53                        IEventTaskInstance eti1 = null;
54                        if (obj1 instanceof IEventTaskInstance) {
55                                eti1 = (IEventTaskInstance) obj1;
56                        }
57               
58                        for (Iterator<ITaskInstance> jt = uniqueTasks.getSymbols()
59                                        .iterator(); jt.hasNext();) {
60                                IEventTaskInstance eti2 = null;
61                                Object obj2 = jt.next();
62                                if (obj2 instanceof IEventTaskInstance) {
63                                        eti2 = (IEventTaskInstance) obj2;
64                                }
65                                IGUIElement first = (IGUIElement) eti1.getEvent().getTarget();
66                                IGUIElement second = (IGUIElement) eti2.getEvent().getTarget();
67                                int tempindex1 = -1;
68                                int tempindex2 = -1;
69                                if(!idmapping.containsKey(eti1.getTask().getId()))
70                                {
71                                        idmapping.put(eti1.getTask().getId(), index);
72                                        tempindex1 = index;
73                                        index++;
74                                }       
75                                else
76                                {
77                                        tempindex1 = idmapping.get(eti1.getTask().getId());
78                                }       
79                                if(!idmapping.containsKey(eti2.getTask().getId()))
80                                {
81                                        idmapping.put(eti2.getTask().getId(), index);
82                                        tempindex2 = index;
83                                        index++;
84                                }       
85                                else
86                                {
87                                        tempindex2 = idmapping.get(eti2.getTask().getId());
88                                }
89                                float distance = AlignmentHelpers.distanceBetween(first, second);
90                                meandistance += distance;
91                       
92                                if (distance > positiveThreshold) {
93                                        distance = -1*distance;
94                                }
95                                matrix.set(tempindex1, tempindex2,distance);
96                               
97                        }
98                }
99                System.out.println(meandistance/(uniqueTasks.size()*uniqueTasks.size()));
100                //System.out.println(idmapping.toString());
101                //System.out.println(matrix.toString());
102                //System.out.println(idmapping.keySet().toString());
103                //System.out.println(idmapping.values().toString());
104               
105        }
106
107        @Override
108        public float getDistance(int taskId1, int taskId2) {
109                //System.out.println("Taskid1: " + taskId1 + " Taskid2: " + taskId2 + " Idmapping1: " + idmapping.get(taskId1) + " Idmapping2: " + idmapping.get(taskId2));
110               
111                return matrix.get(idmapping.get(taskId1),idmapping.get(taskId2));
112        }
113
114}
115
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.