source: trunk/EventBenchConsole/src/de/ugoe/cs/eventbench/commands/CMDcalcCoverage.java @ 131

Last change on this file since 131 was 130, checked in by sherbold, 13 years ago
  • fixed output in calcCoverage
  • remaned command listStates to listSymbols
  • removed command numStates

+ added command modelSize that outputs the number of symbols in a model and its first-order markov model equivalent.

  • Property svn:mime-type set to text/plain
File size: 4.6 KB
Line 
1package de.ugoe.cs.eventbench.commands;
2
3import java.security.InvalidParameterException;
4import java.util.Collection;
5import java.util.List;
6
7import de.ugoe.cs.eventbench.coverage.CoverageCalculatorObserved;
8import de.ugoe.cs.eventbench.coverage.CoverageCalculatorProcess;
9import de.ugoe.cs.eventbench.data.Event;
10import de.ugoe.cs.eventbench.data.GlobalDataContainer;
11import de.ugoe.cs.eventbench.models.IStochasticProcess;
12import de.ugoe.cs.util.console.Command;
13import de.ugoe.cs.util.console.Console;
14
15public class CMDcalcCoverage implements Command {
16
17        @SuppressWarnings("unchecked")
18        @Override
19        public void run(List<Object> parameters) {
20                String modelname;               
21                String[] sequenceNames;
22                int minLength;
23                int maxLength;
24                String observedName = "sequences";
25                try {
26                        modelname = (String) parameters.get(0);
27                        sequenceNames = (String[]) parameters.get(1);
28                        minLength = Integer.parseInt((String) parameters.get(2));
29                        maxLength = Integer.parseInt((String) parameters.get(3));
30                        if( parameters.size()==5 ) {
31                                observedName = (String) parameters.get(1);
32                        }
33                }
34                catch (Exception e) {
35                        throw new InvalidParameterException();
36                }
37               
38                IStochasticProcess process = null;
39                Collection<List<? extends Event<?>>> observedSequences = null;
40                Collection<List<? extends Event<?>>> sequences = null;
41                Object dataObjectProcess = GlobalDataContainer.getInstance().getData(modelname);
42                Object dataObjectObserved = GlobalDataContainer.getInstance().getData(observedName);
43                if( dataObjectProcess==null ) {
44                        Console.printerrln("Model " + modelname + " not found in storage.");
45                        return;
46                }
47                if( !(dataObjectProcess instanceof IStochasticProcess) ) {
48                        Console.printerrln("Object " + modelname + " not of type IStochasticProcess!");
49                        return;
50                }
51                if( dataObjectObserved==null ) {
52                        Console.printerrln("Observed sequences not found in storage.");
53                        return;
54                }
55                if( !(dataObjectObserved instanceof Collection<?>) ) {
56                        // weak instance check!
57                        Console.printerrln("Object " + observedName + " not a Collection!");
58                        return;
59                }
60                process = (IStochasticProcess) dataObjectProcess;
61                observedSequences = (Collection<List<? extends Event<?>>>) dataObjectObserved;
62               
63               
64                Console.print("seqName");
65                for( int length=minLength ; length<=maxLength ; length++) {
66                        Console.print(";numObs_" + length);
67                        Console.print(";numCov_" + length);
68                        Console.print(";numNew_" + length);
69                        Console.print(";numPos_" + length);
70                        Console.print(";all_" + length);
71                        Console.print(";pos_" + length);
72                        Console.print(";poswei_" + length);
73                        Console.print(";obs_" + length);
74                        Console.print(";obswei_" + length);
75                        Console.print(";new_" + length);
76                        Console.print(";newpos_" + length);
77                        Console.print(";newposwei_" + length);
78                }
79                Console.println("");
80                for( String sequenceName : sequenceNames ) {
81                        Object dataObjectSequences = GlobalDataContainer.getInstance().getData(sequenceName);
82                        if( dataObjectSequences==null ) {
83                                Console.println("Sequences " + sequenceName + " not found in storage.");
84                        }
85                        else if( !(dataObjectSequences instanceof Collection<?>) ) {
86                                // cannot really perform type check at runtime! this is an approximative substitute
87                                Console.printerrln("Object " + sequenceName + "not of type Collection<?>!");
88                                return;
89                        }
90                        sequences = (Collection<List<? extends Event<?>>>) dataObjectSequences;
91                        Console.print(sequenceName);
92                        for( int length=minLength ; length<=maxLength ; length++) {
93                                CoverageCalculatorProcess covCalcProc = new CoverageCalculatorProcess(process, sequences, length);
94                                CoverageCalculatorObserved covCalcObs = new CoverageCalculatorObserved(observedSequences, sequences, length);
95                                Console.print(";" + covCalcObs.getNumObserved());
96                                Console.print(";" + covCalcObs.getNumCovered());
97                                Console.print(";" + covCalcObs.getNumNew());
98                                Console.print(";" + covCalcProc.getNumPossible());
99                                Console.print(";" + covCalcProc.getCoverageAllNoWeight());
100                                Console.print(";" + covCalcProc.getCoveragePossibleNoWeight());
101                                Console.print(";" + covCalcProc.getCoveragePossibleWeight());
102                                Console.print(";" + covCalcObs.getCoverageObserved());
103                                Console.print(";" + covCalcObs.getCoverageObservedWeigth(process));
104                                Console.print(";" + covCalcObs.getNewPercentage());
105                                Console.print(";" + covCalcObs.getCoveragePossibleNew(process));
106                                Console.print(";" + covCalcObs.getCoveragePossibleNewWeight(process));
107                        }
108                        Console.println("");
109                }
110        }
111
112        @Override
113        public void help() {
114                Console.println("Usage: calcCoverage <modelname> [sequenceNames] <minCovLength> <maxCovLength>");
115        }
116
117}
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.