Ignore:
Timestamp:
09/02/13 18:10:07 (11 years ago)
Author:
rkrimmel
Message:

Adding Match class, Smith Waterman algorithm and Substitution Matrix class

Location:
trunk/autoquest-plugin-guitar/src/main/java/de/ugoe/cs/autoquest/plugin
Files:
3 added
4 deleted
2 copied

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/autoquest-plugin-guitar/src/main/java/de/ugoe/cs/autoquest/plugin/alignment/commands/CMDbinaryAligment.java

    r1218 r1303  
    1313//   limitations under the License. 
    1414 
    15 package de.ugoe.cs.autoquest.plugin.guitar.commands; 
     15package de.ugoe.cs.autoquest.plugin.alignment.commands; 
    1616 
    1717import java.io.File; 
     
    2424import de.ugoe.cs.autoquest.CommandHelpers; 
    2525import de.ugoe.cs.autoquest.eventcore.Event; 
    26 import de.ugoe.cs.autoquest.plugin.guitar.GUITARTestCaseParser; 
    2726import de.ugoe.cs.util.console.Command; 
    2827import de.ugoe.cs.util.console.Console; 
     
    3130/** 
    3231 * <p> 
    33  * Command to load a set of sequences from a set of GUITAR test cases. 
     32 * Command to generate a binary alignment of two sequences 
    3433 * </p> 
    3534 *  
     
    3736 * @version 1.0 
    3837 */ 
    39 public class CMDefgTestCasesToSequences implements Command { 
     38public class CMDbinaryAligment implements Command { 
    4039 
    4140        /* 
     
    4645        @Override 
    4746        public void run(List<Object> parameters) { 
    48                 String foldername; 
    4947                String sequencesName; 
    50                 String efgFileName = null; 
     48                String algorithm; 
    5149                try { 
    52                         foldername = (String) parameters.get(0); 
    53                         sequencesName = (String) parameters.get(1); 
    54                         if (parameters.size() >= 3) { 
    55                                 efgFileName = (String) parameters.get(2); 
     50                        sequencesName = (String) parameters.get(0); 
     51                        if (parameters.size() > 1) { 
     52                                algorithm = (String) parameters.get(1); 
    5653                        } 
    5754                } catch (Exception e) { 
     
    5956                } 
    6057 
    61                 File folder = new File(foldername); 
    6258                 
    63                 File[] testcaseFiles = folder.listFiles( new FilenameFilter() { 
    64                         @Override 
    65                         public boolean accept(File dir, String name) { 
    66                                 return name.endsWith(".tst"); 
    67                         } 
    68                 }); 
    6959                Collection<List<Event>> sequences = new LinkedList<List<Event>>(); 
    70                 GUITARTestCaseParser parser; 
    71                 if (efgFileName == null) { 
    72                         parser = new GUITARTestCaseParser(); 
    73                 } else { 
    74                         parser = new GUITARTestCaseParser(efgFileName); 
    75                 } 
    76                 for (File testcaseFile : testcaseFiles) { 
    77                         Console.traceln(Level.INFO, "Loading from file " 
    78                                         + testcaseFile.getAbsolutePath()); 
    79                         sequences.add(parser.parseTestCaseFile(testcaseFile)); 
    80                 } 
    81                 if (GlobalDataContainer.getInstance().addData(sequencesName, sequences)) { 
    82                         CommandHelpers.dataOverwritten(sequencesName); 
    83                 } 
     60                 
    8461 
    8562        } 
     
    9269        @Override 
    9370        public String help() { 
    94                 return "efgTestCasesToSequences <directory> <sequencesName> {<guiFileName>}"; 
     71                return "binaryAlignment <sequencesName> {<algorithm>}"; 
    9572        } 
    9673 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.