Ignore:
Timestamp:
01/22/14 15:45:55 (11 years ago)
Author:
rkrimmel
Message:

Removing unused code

Location:
trunk/autoquest-plugin-alignment/src/main/java/de/ugoe/cs/autoquest/plugin/alignment
Files:
2 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/autoquest-plugin-alignment/src/main/java/de/ugoe/cs/autoquest/plugin/alignment/commands/CMDbinaryAlignment.java

    r1323 r1330  
    1515package de.ugoe.cs.autoquest.plugin.alignment.commands; 
    1616 
    17 import java.io.File; 
    18 import java.io.FilenameFilter; 
     17 
    1918import java.util.Collection; 
    20 import java.util.Iterator; 
    2119import java.util.LinkedList; 
    2220import java.util.List; 
    23 import java.util.logging.Level; 
    2421 
    25 import de.ugoe.cs.autoquest.CommandHelpers; 
    2622import de.ugoe.cs.autoquest.eventcore.Event; 
    2723import de.ugoe.cs.autoquest.plugin.alignment.SmithWaterman; 
    28 import de.ugoe.cs.autoquest.plugin.alignment.seqgen.RandomSequenceGenerator; 
    2924import de.ugoe.cs.autoquest.plugin.alignment.seqgen.SimpleSequenceGenerator; 
    30 import de.ugoe.cs.autoquest.plugin.alignment.substitution.DifferenceSubstitutionMatrix; 
    3125import de.ugoe.cs.autoquest.plugin.alignment.substitution.NearbySubstitutionMatrix; 
    32 import de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.manager.TaskTreeManager; 
    33 import de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.taskequality.TaskEquality; 
    34 import de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.temporalrelation.TaskInstanceComparator; 
    35 import de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.temporalrelation.TaskHandlingStrategy; 
    36 import de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.treeifc.ITask; 
    37 import de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.treeifc.ITaskBuilder; 
    38 import de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.treeifc.ITaskInstance; 
    39 import de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.treeifc.IUserSession; 
    40 import de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.treeimpl.TaskBuilder; 
    41 import de.ugoe.cs.autoquest.usageprofiles.SymbolMap; 
     26import de.ugoe.cs.autoquest.plugin.alignment.substitution.ObjectDistanceSubstitionMatrix; 
    4227import de.ugoe.cs.util.console.Command; 
    4328import de.ugoe.cs.util.console.Console; 
     
    4934 * </p> 
    5035 *  
    51  * @author Steffen Herbold 
     36 * @author Ralph Krimmel 
    5237 * @version 1.0 
    5338 */ 
     
    7257 
    7358                Collection<List<Event>> sequences = new LinkedList<List<Event>>(); 
    74                 sequences = (Collection<List<Event>>) GlobalDataContainer.getInstance() 
    75                                 .getData(sequencesName); 
     59                Object obj = GlobalDataContainer.getInstance().getData(sequencesName); 
     60                if(obj.getClass().equals(sequences.getClass())) { 
     61                        sequences = (Collection<List<Event>>) obj; 
     62                } 
     63                  
     64         
     65                 
     66                 
     67 
    7668                                if(sequences != null) { 
    7769                                        Console.println("Number of sequences: " + sequences.size()); 
     
    8173                                        int[] seq1 = gen.get(0); 
    8274                                        int[] seq2 = gen.get(0); 
     75                                        ObjectDistanceSubstitionMatrix submat = new ObjectDistanceSubstitionMatrix(); 
     76                                        submat.generate(sequences); 
    8377                                        SmithWaterman sw = new SmithWaterman(seq1, seq2, 
    8478                                                        new NearbySubstitutionMatrix(seq1, seq2, 10)); 
    8579 
    86                                 //printDPMatrix(); 
     80                                sw.printDPMatrix(); 
    8781                                System.out.println(); 
    88                                 sw.printAlignments(); 
     82                                //sw.printAlignments(); 
    8983                                // sw.getMatches(); 
    9084                                } 
  • trunk/autoquest-plugin-alignment/src/main/java/de/ugoe/cs/autoquest/plugin/alignment/seqgen/SimpleSequenceGenerator.java

    r1323 r1330  
    3636                        TaskTreeManager ttm = new TaskTreeManager(); 
    3737                        ttm.createTaskModel(sequences); 
    38  
     38                         
    3939                        TaskHandlingStrategy preparationTaskHandlingStrategy  = new TaskHandlingStrategy(TaskEquality.SEMANTICALLY_EQUAL); 
    4040                        SymbolMap<ITaskInstance, ITask> uniqueTasks = preparationTaskHandlingStrategy 
     
    4242                        TaskInstanceComparator comparator = preparationTaskHandlingStrategy 
    4343                                        .getTaskComparator(); 
    44                         int unifiedTasks = 0; 
    4544                        ITask task; 
    4645                        ITaskBuilder taskBuilder = new TaskBuilder(); 
    4746 
    4847                        List<IUserSession> sessions = ttm.getTaskModel().getUserSessions(); 
     48                         
    4949                        for (IUserSession session : sessions) { 
    5050                                //Creating a new sequence that just consists of integers 
     
    5858                                                                taskInstance.getTask()); 
    5959                                                                templist[i]=taskInstance.getTask().getId(); 
     60                                                                 
    6061                                        } else { 
    6162                                                taskBuilder.setTask(taskInstance, task); 
    62                                                 unifiedTasks++; 
    6363                                                templist[i]=task.getId(); 
    6464                                                 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.