Changeset 1449


Ignore:
Timestamp:
03/26/14 19:47:27 (11 years ago)
Author:
rkrimmel
Message:
 
Location:
trunk/autoquest-plugin-alignment
Files:
5 added
4 edited
1 moved

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • trunk/autoquest-plugin-alignment/src/main/java/de/ugoe/cs/autoquest/plugin/alignment/commands/CMDbinaryAlignment.java

    r1446 r1449  
    4444         * @see de.ugoe.cs.util.console.Command#run(java.util.List) 
    4545         */ 
     46        @SuppressWarnings("unchecked") 
    4647        public void run(List<Object> parameters) { 
    4748                String sequencesName = "sequences"; 
    … …  
    5859                Collection<List<Event>> sequences = new LinkedList<List<Event>>(); 
    5960                Object obj = GlobalDataContainer.getInstance().getData(sequencesName); 
    60                 if(obj.getClass().equals(sequences.getClass())) { 
    61                         sequences = (Collection<List<Event>>) obj; 
    62                 } 
     61                if(obj != null) { 
     62                         
     63                        if(obj.getClass().equals(sequences.getClass())) { 
     64                                sequences = (Collection<List<Event>>) obj; 
     65                        } 
    6366                  
    64          
    65                  
    66                  
    67  
    68                                 if(sequences != null) { 
     67                                 
    6968                                        Console.println("Number of sequences: " + sequences.size()); 
    7069 
    … …  
    7372                                        int[] seq1 = gen.get(0).getSequence(); 
    7473                                        int[] seq2 = gen.get(0).getSequence(); 
    75                                         ObjectDistanceSubstitionMatrix submat = new ObjectDistanceSubstitionMatrix(); 
    76                                         submat.generate(sequences); 
    77                                         SmithWaterman sw = new SmithWaterman(seq1, seq2, 
    78                                                         new NearbySubstitutionMatrix(seq1, seq2, 10)); 
     74                                        //ObjectDistanceSubstitionMatrix submat = new ObjectDistanceSubstitionMatrix(); 
     75                                        //submat.generate(sequences); 
     76                                        //SmithWaterman sw = new SmithWaterman(seq1, seq2, 
     77                                        //              new NearbySubstitutionMatrix(seq1, seq2, 10)); 
    7978 
    80                                 sw.printDPMatrix(); 
    81                                 System.out.println(); 
    82                                 sw.printAlignments(); 
     79                                //sw.printDPMatrix(); 
     80                                //System.out.println(); 
     81                                //sw.printAlignments(); 
    8382                                // sw.getMatches(); 
     83                                        System.out.println("foo"); 
    8484                                } 
    8585                        } 

  • trunk/autoquest-plugin-alignment/src/main/java/de/ugoe/cs/autoquest/plugin/alignment/seqgen/RandomSequenceGenerator.java

    r1323 r1449  
    55import java.util.List; 
    66 
    7 public class RandomSequenceGenerator implements ISequenceGenerator{ 
     7public class RandomSequenceGenerator implements SequenceGenerator{ 
    88 
    99        private int min; 
    … …  
    3333 
    3434        @Override 
    35         public int[] get(int index) { 
     35        public NumberSequence get(int index) { 
    3636                // TODO Auto-generated method stub 
    3737                return null; 

  • trunk/autoquest-plugin-alignment/src/main/java/de/ugoe/cs/autoquest/plugin/alignment/seqgen/SequenceGenerator.java

    r1439 r1449  
    66import de.ugoe.cs.autoquest.eventcore.Event; 
    77 
    8 public interface ISequenceGenerator { 
     8public interface SequenceGenerator { 
    99         
    1010        public void generate(Collection<List<Event>> eventList); 
    11         public int[] get(int index); 
     11        public NumberSequence get(int index); 
    1212         
    1313         

  • trunk/autoquest-plugin-alignment/src/main/java/de/ugoe/cs/autoquest/plugin/alignment/seqgen/SimpleSequenceGenerator.java

    r1330 r1449  
    1717import de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.treeimpl.TaskBuilder; 
    1818import de.ugoe.cs.autoquest.usageprofiles.SymbolMap; 
     19import de.ugoe.cs.util.console.Console; 
    1920 
    2021 
    21 public class SimpleSequenceGenerator implements ISequenceGenerator { 
     22public class SimpleSequenceGenerator implements SequenceGenerator { 
    2223 
    23         private ArrayList<int[]> numberseqs; 
     24        private ArrayList<NumberSequence> numberseqs; 
    2425 
    2526 
    2627        public SimpleSequenceGenerator() { 
    27                 this.numberseqs = new ArrayList<int[]>(); 
     28                this.numberseqs = new ArrayList<NumberSequence>(); 
    2829         
    2930        } 
    3031         
     32        public void print() { 
     33                for (NumberSequence sequence : numberseqs) { 
     34                                System.out.println(sequence.toString()); 
     35                } 
     36                 
     37        } 
    3138         
    3239        public void generate(Collection<List<Event>> sequences) { 
    … …  
    3542                if (sequences != null) { 
    3643                        TaskTreeManager ttm = new TaskTreeManager(); 
     44                        Console.println("Creating the task model"); 
    3745                        ttm.createTaskModel(sequences); 
    38                          
     46                        Console.println("Finished creating the task model"); 
    3947                        TaskHandlingStrategy preparationTaskHandlingStrategy  = new TaskHandlingStrategy(TaskEquality.SEMANTICALLY_EQUAL); 
    4048                        SymbolMap<ITaskInstance, ITask> uniqueTasks = preparationTaskHandlingStrategy 
    … …  
    4957                        for (IUserSession session : sessions) { 
    5058                                //Creating a new sequence that just consists of integers 
    51                                 int[] templist = new int[session.size()]; 
     59                                NumberSequence templist = new NumberSequence(session.size()) ; 
    5260                                for (int i = 0; i < session.size(); i++) { 
    5361                                        ITaskInstance taskInstance = session.get(i);  
    … …  
    5765                                                uniqueTasks.addSymbol(taskInstance, 
    5866                                                                taskInstance.getTask()); 
    59                                                                 templist[i]=taskInstance.getTask().getId(); 
     67                                                                templist.getSequence()[i]=taskInstance.getTask().getId(); 
    6068                                                                 
    6169                                        } else { 
    6270                                                taskBuilder.setTask(taskInstance, task); 
    63                                                 templist[i]=task.getId(); 
     71                                                templist.getSequence()[i]=task.getId(); 
    6472                                                 
    6573                                        } 
    … …  
    7785 
    7886        @Override 
    79         public int[] get(int index) { 
     87        public NumberSequence get(int index) { 
    8088                return numberseqs.get(index); 
    8189        } 

  • trunk/autoquest-plugin-alignment/src/main/java/de/ugoe/cs/autoquest/plugin/alignment/substitution/ObjectDistanceSubstitionMatrix.java

    r1331 r1449  
    3737                return matrix.get(currentSequence)[pos1][pos2]; 
    3838        } 
     39         
     40        public double getDistance(int sequence, int pos1, int pos2) { 
     41                return  matrix.get(sequence)[pos1][pos2]; 
     42                 
     43                 
     44        } 
    3945 
    4046        @Override 
    … …  
    4652        @Override 
    4753        public void generate(Collection<List<Event>> eventList) { 
    48                 GUIModel guimodel = (GUIModel) GlobalDataContainer.getInstance().getData("sequences_targets"); 
    49                 guimodel.condenseModel(); 
    5054                 
    5155                for(Iterator<List<Event>> seqs = eventList.iterator(); seqs.hasNext();) { 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.