Changeset 1617 for branches/ralph


Ignore:
Timestamp:
07/16/14 11:02:17 (10 years ago)
Author:
rkrimmel
Message:

Better output of matches

Location:
branches/ralph/src/main/java/de/ugoe/cs/autoquest/tasktrees
Files:
2 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • branches/ralph/src/main/java/de/ugoe/cs/autoquest/tasktrees/alignment/matrix/PairwiseAlignmentGenerator.java

    r1612 r1617  
    1010public class PairwiseAlignmentGenerator { 
    1111 
     12        public static PairwiseAlignmentStorage generate( 
     13                        ArrayList<NumberSequence> numberseqs, 
     14                        ObjectDistanceSubstitionMatrix submat) { 
     15                PairwiseAlignmentStorage alignments = new PairwiseAlignmentStorage( 
     16                                numberseqs.size(), numberseqs.size()); 
    1217 
    13         public static PairwiseAlignmentStorage generate(ArrayList<NumberSequence> numberseqs,ObjectDistanceSubstitionMatrix submat) { 
    14                 PairwiseAlignmentStorage alignments = new PairwiseAlignmentStorage(numberseqs.size(),numberseqs.size()); 
    15                  
    16                 for (int i = 0; i < numberseqs.size(); i++) { 
    17                         NumberSequence ns1 = numberseqs.get(i); 
    18                         for (int j = 0; j < numberseqs.size(); j++) { 
    19                                 NumberSequence ns2 = numberseqs.get(j); 
     18                for (int i = 0; i < numberseqs.size(); i++) { 
     19                        NumberSequence ns1 = numberseqs.get(i); 
     20                        for (int j = 0; j < numberseqs.size(); j++) { 
     21                                NumberSequence ns2 = numberseqs.get(j); 
    2022 
    21                                 if (i != j) { 
    22                                         int smithWatermanThreshold = 10; 
    23                                         AlignmentAlgorithm aa = AlignmentAlgorithmFactory.create(); 
    24                                         aa.align(ns1.getSequence(), ns2.getSequence(), submat, 
    25                                                         smithWatermanThreshold); 
    26                                         alignments.set(i,j,aa); 
    27                                  
    28                                          
    29                                         AlignmentAlgorithm sameSequence1 = AlignmentAlgorithmFactory.create(); 
    30                                                         sameSequence1.align( 
    31                                                         ns1.getSequence(), ns1.getSequence(), submat, 
    32                                                         smithWatermanThreshold); 
    33                                         AlignmentAlgorithm sameSequence2 = AlignmentAlgorithmFactory.create(); 
    34                                                         sameSequence2.align(ns2.getSequence(), ns2.getSequence(), submat, 
    35                                                         smithWatermanThreshold); 
    36                                         AlignmentAlgorithm randomSequence = AlignmentAlgorithmFactory.create(); 
    37                                                         randomSequence.align(ns1.shuffle().getSequence(),ns2.shuffle().getSequence(),submat,smithWatermanThreshold); 
    38                                          
    39                                         // Score of the aligmnment 
    40                                         double score = alignments.get(i,j).getAlignmentScore(); 
    41                                         /* 
    42                                         if(score > 0) { 
    43                                                 System.out.println("Alignment: " + i + " " + j); 
    44                                                 alignments.get(i, j).printAlignment(); 
    45                                                 ArrayList<ArrayList<NumberSequence>> matches = alignments.get(i, j).getMatches(); 
    46                                                 int count = 0; 
    47                                                 for(Iterator<ArrayList<NumberSequence>> it = matches.iterator();it.hasNext();) { 
    48                                                         System.out.println("Match number " + count);  
    49                                                         ArrayList<NumberSequence> tmp = it.next(); 
    50                                                         tmp.get(0).printSequence(); 
    51                                                         tmp.get(1).printSequence(); 
    52                                                         System.out.println(); 
    53                                                         count++; 
    54                                                 } 
    55                                                 System.out.println(); 
    56                                         } 
    57                                         */ 
    58                                         // Scores of the sequence being aligned to itself (maximum score) 
    59                                         double sSelf1 = sameSequence1.getAlignmentScore(); 
    60                                         double sSelf2 = sameSequence2.getAlignmentScore(); 
    61                                         // Score of sequences shuffled before aligned   
    62                                         double sRand = randomSequence.getAlignmentScore(); 
     23                                if (i != j) { 
     24                                        int smithWatermanThreshold = 10; 
     25                                        AlignmentAlgorithm aa = AlignmentAlgorithmFactory.create(); 
     26                                        aa.align(ns1.getSequence(), ns2.getSequence(), submat, 
     27                                                        smithWatermanThreshold); 
     28                                        alignments.set(i, j, aa); 
    6329 
    64                                         double sMax = (sSelf1 + sSelf2) / 2; 
    65                                         double sEff = (score - sRand)/ (sMax - sRand); 
    66                                         if(sEff < 0) { 
    67                                                 sEff = 0; 
    68                                         } 
    69                                         double distance = -Math.log(sEff); 
    70                                          
    71                                          
    72                                         if(!Double.isInfinite(distance) && !Double.isNaN(distance)) { 
    73                                                 if(distance < alignments.getDistance(i, j)) {    
    74                                                         alignments.setDistance(i,j,distance ); 
    75                                                 } 
    76                                         } 
    77                                 } 
    78                         } 
    79                 } 
    80                 return alignments;       
    81     } 
     30                                        AlignmentAlgorithm sameSequence1 = AlignmentAlgorithmFactory 
     31                                                        .create(); 
     32                                        sameSequence1.align(ns1.getSequence(), ns1.getSequence(), 
     33                                                        submat, smithWatermanThreshold); 
     34                                        AlignmentAlgorithm sameSequence2 = AlignmentAlgorithmFactory 
     35                                                        .create(); 
     36                                        sameSequence2.align(ns2.getSequence(), ns2.getSequence(), 
     37                                                        submat, smithWatermanThreshold); 
     38                                        AlignmentAlgorithm randomSequence = AlignmentAlgorithmFactory 
     39                                                        .create(); 
     40                                        randomSequence.align(ns1.shuffle().getSequence(), ns2 
     41                                                        .shuffle().getSequence(), submat, 
     42                                                        smithWatermanThreshold); 
     43 
     44                                        // Score of the aligmnment 
     45                                        double score = alignments.get(i, j).getAlignmentScore(); 
     46 
     47                                         
     48                                        // Scores of the sequence being aligned to itself (maximum 
     49                                        // score) 
     50                                        double sSelf1 = sameSequence1.getAlignmentScore(); 
     51                                        double sSelf2 = sameSequence2.getAlignmentScore(); 
     52                                        // Score of sequences shuffled before aligned 
     53                                        double sRand = randomSequence.getAlignmentScore(); 
     54 
     55                                        double sMax = (sSelf1 + sSelf2) / 2; 
     56                                        double sEff = (score - sRand) / (sMax - sRand); 
     57                                        if (sEff < 0) { 
     58                                                sEff = 0; 
     59                                        } 
     60                                        double distance = -Math.log(sEff); 
     61 
     62                                        if (!Double.isInfinite(distance) && !Double.isNaN(distance)) { 
     63                                                if (distance < alignments.getDistance(i, j)) { 
     64                                                        alignments.setDistance(i, j, distance); 
     65                                                } 
     66                                        } 
     67                                } 
     68                        } 
     69                } 
     70                return alignments; 
     71        } 
    8272} 

  • branches/ralph/src/main/java/de/ugoe/cs/autoquest/tasktrees/temporalrelation/SequenceForTaskDetectionRuleAlignment.java

    r1615 r1617  
    164164                                if(i != j) { 
    165165                                        ArrayList<ArrayList<NumberSequence>> tmp = alignments.get(i, j).getMatches(); 
     166                                        int count = 0; 
    166167                                        for(Iterator<ArrayList<NumberSequence>> it = tmp.iterator();it.hasNext();) { 
    167                                                 matchseqs.addAll(it.next()); 
     168                                                System.out.println("Match number " + count); 
     169                                                ArrayList<NumberSequence> tmp2 = it.next(); 
     170                                                tmp2.get(0).printSequence(); 
     171                                                tmp2.get(1).printSequence(); 
     172                                                System.out.println(); 
     173                                                count++; 
     174                                                matchseqs.addAll(tmp2); 
    168175                                        } 
     176                                        System.out.println(); 
    169177                                } 
    170178                        } 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.