Changeset 1619 for branches/ralph/src


Ignore:
Timestamp:
07/20/14 20:43:00 (10 years ago)
Author:
rkrimmel
Message:

Detecting matches in other matches

Location:
branches/ralph/src/main/java/de/ugoe/cs/autoquest/tasktrees
Files:
3 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • branches/ralph/src/main/java/de/ugoe/cs/autoquest/tasktrees/alignment/algorithms/NumberSequence.java

    r1618 r1619  
    6262                                        if (sequence[i + j] != pat1[j] 
    6363                                                        && sequence[i + j] != pat2[j]) { 
     64                                                i++; 
    6465                                                continue notmatched; 
    6566                                        } 
  • branches/ralph/src/main/java/de/ugoe/cs/autoquest/tasktrees/alignment/algorithms/SmithWatermanRepeated.java

    r1618 r1619  
    44import java.util.Iterator; 
    55import java.util.LinkedList; 
    6 import java.util.logging.Level; 
     6 
    77 
    88import de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.alignment.matrix.SubstitutionMatrix; 
    99import de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.alignment.algorithms.Constants; 
    10 import de.ugoe.cs.util.console.Console; 
     10 
    1111 
    1212public class SmithWatermanRepeated implements AlignmentAlgorithm { 
  • branches/ralph/src/main/java/de/ugoe/cs/autoquest/tasktrees/temporalrelation/SequenceForTaskDetectionRuleAlignment.java

    r1618 r1619  
    164164                Console.traceln(Level.INFO,"retrieving significant sequence pieces"); 
    165165                for (int i=0; i< numberseqs.size();i++) { 
     166                        Console.traceln(Level.FINEST,"retrieving significant sequence pieces:  " + Math.round((float)i/(float)numberseqs.size()*100) + "%"); 
    166167                        for(int j=0; j< numberseqs.size();j++) { 
    167168                                if(i != j) { 
     
    171172                        } 
    172173                } 
     174                Console.traceln(Level.FINEST,"retrieving significant sequence pieces:  100%"); 
    173175                 
    174176                Console.traceln(Level.INFO, "searching for patterns occuring most"); 
     177 
    175178                //search this match in every other sequence 
    176179                for(int i=0; i < matchseqs.size();i++) { 
     180                        int occurencecount = 0; 
     181                        Console.traceln(Level.FINEST, "searching for patterns occuring most: " + Math.round((float)i/(float)matchseqs.size()*100) + "%"); 
    177182                        for(int j=0; j < matchseqs.size();j++) { 
    178183                                if(i>j) { 
    179184                                        if(matchseqs.get(j).get(0).containsPattern(matchseqs.get(i)) > 0 || matchseqs.get(j).get(1).containsPattern(matchseqs.get(i)) > 0) { 
    180                                                 System.out.println("Found something!"); 
     185                                                occurencecount++; 
    181186                                        } 
    182187                                } 
    183188                        } 
    184                                  
     189                        if(occurencecount > 1) { 
     190                                System.out.println("Found pattern \n ");  
     191                                matchseqs.get(i).get(0).printSequence();  
     192                                matchseqs.get(i).get(1).printSequence();  
     193                                System.out.println(occurencecount + " times"); 
     194                                System.out.println(); 
     195                        } 
    185196                } 
    186197                 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.