Changeset 1649


Ignore:
Timestamp:
08/03/14 22:53:27 (10 years ago)
Author:
rkrimmel
Message:

Adding tests to some classes.

Location:
branches
Files:
1 added
1 deleted
5 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • branches/autoquest-core-tasktrees-alignment-test/src/test/java/de/ugoe/cs/autoquest/tasktrees/alignment/algorithms/NumberSequenceTest.java

    r1648 r1649  
    2121                 
    2222                int[] pat5 = new int[]{-1,-1,-1}; 
     23                 
    2324                int[] pat6 = new int[]{10,11,12}; 
     25                 
     26                int[] pat7 = new int[]{8,9,10}; 
     27                int[] pat8 = new int[]{7,6,5}; 
     28                 
     29                int[] pat9 = new int[]{0}; 
     30                int[] pat10 = new int[]{1}; 
    2431                 
    2532                 
    … …  
    3441                Match pattern = new Match(); 
    3542                pattern.setFirstSequence(firstpattern); 
    36                 pattern.setSecondSequence(secondpattern); 
    37                  
     43                pattern.setSecondSequence(secondpattern);                
    3844                assertEquals(Integer.valueOf(2),ns.containsPattern(pattern).get(0)); 
     45                assertEquals(1,ns.containsPattern(pattern).size()); 
    3946                 
    4047                firstpattern.setSequence(pat3); 
    … …  
    4350                assertEquals(Integer.valueOf(1),ns.containsPattern(pattern).get(0)); 
    4451                assertEquals(Integer.valueOf(5),ns.containsPattern(pattern).get(1)); 
     52                assertEquals(2,ns.containsPattern(pattern).size()); 
    4553         
    4654                firstpattern.setSequence(pat5); 
    4755                secondpattern.setSequence(pat5); 
    48                  
    4956                assertEquals(0,ns.containsPattern(pattern).size()); 
    5057                 
    5158                firstpattern.setSequence(pat6); 
    5259                secondpattern.setSequence(pat6); 
     60                assertEquals(0,ns.containsPattern(pattern).size()); 
    5361                 
     62                firstpattern.setSequence(pat7); 
     63                secondpattern.setSequence(pat8); 
    5464                assertEquals(0,ns.containsPattern(pattern).size()); 
     65                 
     66                firstpattern.setSequence(pat9); 
     67                secondpattern.setSequence(pat10); 
     68                assertEquals(Integer.valueOf(0),ns.containsPattern(pattern).get(0)); 
     69                assertEquals(Integer.valueOf(1),ns.containsPattern(pattern).get(1)); 
     70                assertEquals(2,ns.containsPattern(pattern).size()); 
     71         
    5572        } 
    5673 

  • branches/autoquest-core-tasktrees-alignment-test/src/test/java/de/ugoe/cs/autoquest/tasktrees/alignment/algorithms/SmithWatermanRepeatedTest.java

    r1648 r1649  
    55import org.junit.Test; 
    66 
     7import de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.alignment.matrix.DummySubstitutionMatrix; 
     8 
    79public class SmithWatermanRepeatedTest { 
    810 
    911        @Test 
    1012        public void testGetMaxScore() { 
    11                 fail("Not yet implemented"); 
     13                int[] seq1 = new int[]{0,1,2,3,4,5,6,7,8,9}; 
     14                int[] seq2 = new int[]{0,1,2,3,4,5,6,7,8,9}; 
     15                 
     16                NumberSequence ns1 = new NumberSequence(10); 
     17                NumberSequence ns2 = new NumberSequence(10); 
     18                 
     19                ns1.setSequence(seq1); 
     20                ns2.setSequence(seq2); 
     21                 
     22                DummySubstitutionMatrix submat = new DummySubstitutionMatrix(); 
     23                 
     24                AlignmentAlgorithm testalignment1 = AlignmentAlgorithmFactory 
     25                                .create(); 
     26                testalignment1.align(ns1, ns2,submat,5); 
     27 
     28                assertTrue(testalignment1.getMaxScore()==10); 
    1229        } 
    1330 
    1431        @Test 
    1532        public void testGetAlignmentScore() { 
    16                 fail("Not yet implemented"); 
     33                int[] seq1 = new int[]{0,1,2,3,4,5,6,7,8,9}; 
     34                int[] seq2 = new int[]{0,1,2,3,4,5,6,7,8,9}; 
     35                 
     36                NumberSequence ns1 = new NumberSequence(10); 
     37                NumberSequence ns2 = new NumberSequence(10); 
     38                 
     39                ns1.setSequence(seq1); 
     40                ns2.setSequence(seq2); 
     41                 
     42                DummySubstitutionMatrix submat = new DummySubstitutionMatrix(); 
     43                 
     44                AlignmentAlgorithm testalignment1 = AlignmentAlgorithmFactory 
     45                                .create(); 
     46                testalignment1.align(ns1, ns2,submat,5); 
     47                assertTrue(testalignment1.getAlignmentScore()==5); 
    1748        } 
    1849 
    1950        @Test 
    2051        public void testGetMatches() { 
    21                 fail("Not yet implemented"); 
     52                int[] seq1 = new int[]{0,1,2,3,4,5,6,7,8,9}; 
     53                int[] seq2 = new int[]{3,4,5,6,7}; 
     54                 
     55                NumberSequence ns1 = new NumberSequence(10); 
     56                NumberSequence ns2 = new NumberSequence(10); 
     57                 
     58                ns1.setSequence(seq1); 
     59                ns2.setSequence(seq2); 
     60                 
     61                DummySubstitutionMatrix submat = new DummySubstitutionMatrix(); 
     62                 
     63                AlignmentAlgorithm testalignment1 = AlignmentAlgorithmFactory 
     64                                .create(); 
     65                testalignment1.align(ns1, ns2,submat,4); 
     66                testalignment1.printDPMatrix(); 
     67                testalignment1.printAlignment(); 
     68                 
     69                //testalignment1.getMatches().get(0).getFirstSequence().printSequence(); 
     70                //testalignment1.getMatches().get(0).getSecondSequence().printSequence(); 
     71                 
    2272        } 
    2373 
    24         @Test 
    25         public void testGetAlignment() { 
    26                 fail("Not yet implemented"); 
    27         } 
    2874 
     75        //TODO: Need a better substitution matrix to do proper testing 
    2976        @Test 
    3077        public void testAlign() { 
    31                 fail("Not yet implemented"); 
    32         } 
     78                int[] seq1 = new int[]{0,1,2, 3, 4, 5,6,7,8,9}; 
     79                int[] seq2 = new int[]{0,1,2,10,11,12,6,7,8,9}; 
     80                 
     81                 
     82                NumberSequence ns1 = new NumberSequence(10); 
     83                NumberSequence ns2 = new NumberSequence(10); 
     84                 
     85                ns1.setSequence(seq1); 
     86                ns2.setSequence(seq2); 
     87                 
     88                DummySubstitutionMatrix submat = new DummySubstitutionMatrix(); 
     89                 
     90                AlignmentAlgorithm testalignment1 = AlignmentAlgorithmFactory 
     91                                .create(); 
     92                testalignment1.align(ns1, ns2,submat,3); 
     93                //assertTrue(testalignment1.getAlignmentScore()==7); 
     94                 
     95                } 
    3396 
    3497} 

  • branches/autoquest-core-tasktrees-alignment/src/main/java/de/ugoe/cs/autoquest/tasktrees/alignment/algorithms/AlignmentAlgorithm.java

    r1620 r1649  
    1919 
    2020        public abstract ArrayList<Match> getMatches(); 
     21         
     22        public double getMaxScore(); 
    2123 
    2224        void align(NumberSequence input1, NumberSequence input2, 

  • branches/autoquest-core-tasktrees-alignment/src/main/java/de/ugoe/cs/autoquest/tasktrees/alignment/algorithms/SmithWatermanRepeated.java

    r1620 r1649  
    102102                                //position of the maximal score of the previous row 
    103103                                 
    104                                 for(int j = 2; j < length2;j++) { 
     104                                for(int j = 2; j <= length2;j++) { 
    105105                                        if(matrix[i-1][j].getScore() > tempMax) { 
    106106                                                tempMax = matrix[i-1][j].getScore(); 
    … …  
    122122                         
    123123                        //The last additional score is not related to a character in the input sequence, it's the total score. Therefore we don't need to save something for it 
    124                         if(i<length1+1)  
    125                         { 
     124                        //and can end here 
     125                        if(i<length1+1) { 
    126126                                matrix[i][0].setXvalue(input1[i-1]); 
    127127                                matrix[i][0].setYvalue(Constants.UNMATCHED_SYMBOL); 
    128128                        } 
    129                         else {  
    130                         //End after we calculated final score 
     129                        else { 
    131130                                return; 
    132131                        } 
    133                          
    134                          
    135                         for (int j = 1; j < length2; j++) { 
     132                  
     133                         
     134                         
     135                        for (int j = 1; j <= length2; j++) { 
    136136                                double diagScore = matrix[i - 1][j - 1].getScore() + similarity(i, j); 
    137137                                double upScore = matrix[i][j - 1].getScore() + submat.getGapPenalty(); 
    … …  
    181181                // skip the first row and column 
    182182                for (int i = 1; i <= length1; i++) { 
    183                         for (int j = 1; j < length2; j++) { 
     183                        for (int j = 1; j <= length2; j++) { 
    184184                                if (matrix[i][j].getScore() > maxScore) { 
    185185                                        maxScore = matrix[i][j].getScore(); 
    … …  
    373373                 
    374374                for (int i = 0; i <= length1+1; i++) { 
    375                         for(int j = 0; j< length2; j++) { 
     375                        for(int j = 0; j<= length2; j++) { 
    376376                                matrix[i][j] = new MatrixEntry(); 
    377377                        } 

  • branches/autoquest-core-tasktrees-alignment/src/main/java/de/ugoe/cs/autoquest/tasktrees/temporalrelation/SequenceForTaskDetectionRuleAlignment.java

    r1645 r1649  
    166166                                .generate(appData.getNumberSequences(), submat, 9); 
    167167 
     168                 
     169                 
    168170                // Retrieve all matches reached a specific threshold 
    169171                Console.traceln(Level.INFO, "retrieving significant sequence pieces"); 
    … …  
    203205                                        for (Iterator<Integer> jt = startpositions.iterator(); jt 
    204206                                                        .hasNext();) { 
     207                                                int start = jt.next(); 
     208                                                System.out.println("Found match "); 
     209                                                pattern.getFirstSequence().printSequence(); 
     210                                                pattern.getSecondSequence().printSequence();  
     211                                                System.out.println("in sequence " + (j+1) + " at position " + start); 
    205212                                                pattern.addOccurence( 
    206                                                                 new MatchOccurence(jt.next(), j)); 
     213                                                                new MatchOccurence(start, j)); 
    207214                                        } 
    208215 
    … …  
    366373                                } 
    367374                                appData.getNumber2Task().put(templist.getSequence()[i], taskInstance.getTask()); 
     375                                 
     376                                //System.out.println("TaskID: " + taskInstance.getTask().getId()+ " Numbersequence: " + templist.getSequence()[i]); 
    368377                        } 
    369378                        //Each NumberSequence is identified by its id, beginning to count at zero 
    370                         templist.setId(appData.getNumberSequences().size()); 
     379                        templist.setId(sessionNo-1); 
    371380                        appData.getNumberSequences().add(templist); 
    372381                        comparator.clearBuffers(); 
    … …  
    550559                        } 
    551560                } 
     561                for (int i =0;i<sequence.getChildren().size();i++) { 
     562                        System.out.println(sequence.getChildren().get(i)); 
     563                 
     564                        if(sequence.getChildren().get(i).getType() == "selection") { 
     565                                for(int j=0; j< ((ISelection) sequence.getChildren().get(i)).getChildren().size();j++) { 
     566                                        System.out.println("\t" +((ISelection) sequence.getChildren().get(i)).getChildren().get(j)); 
     567                                } 
     568                        } 
     569                } 
    552570                        return sequence; 
    553571                } 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.