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Timestamp:
08/12/14 22:40:30 (10 years ago)
Author:
rkrimmel
Message:

Removed unused code (bohoo, all the time i needed to write it)

Location:
branches/autoquest-core-tasktrees-alignment/src/main/java/de/ugoe/cs/autoquest/tasktrees/alignment
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  • branches/autoquest-core-tasktrees-alignment/src/main/java/de/ugoe/cs/autoquest/tasktrees/alignment/algorithms/MatchOccurence.java

    r1657 r1667  
    2020        } 
    2121 
    22  
    2322        public int getStartindex() { 
    2423                return startindex; 
  • branches/autoquest-core-tasktrees-alignment/src/main/java/de/ugoe/cs/autoquest/tasktrees/alignment/matrix/PairwiseAlignmentGenerator.java

    r1655 r1667  
    3131                                                        smithWatermanThreshold); 
    3232                                        alignments.set(i, j, aa); 
    33                                         //TODO: This is old code used for generating pairwise distances between alignments (to build 
    34                                         // a guide tree 
    35                                         /* 
    36                                         AlignmentAlgorithm sameSequence1 = AlignmentAlgorithmFactory 
    37                                                         .create(); 
    38                                         sameSequence1.align(ns1, ns1, 
    39                                                         submat, smithWatermanThreshold); 
    40                                         AlignmentAlgorithm sameSequence2 = AlignmentAlgorithmFactory 
    41                                                         .create(); 
    42                                         sameSequence2.align(ns2, ns2, 
    43                                                         submat, smithWatermanThreshold); 
    44                                         AlignmentAlgorithm randomSequence = AlignmentAlgorithmFactory 
    45                                                         .create(); 
    46                                         randomSequence.align(ns1.shuffle(), ns2 
    47                                                         .shuffle(), submat, 
    48                                                         smithWatermanThreshold); 
    49                                          
    50                                         // Score of the aligmnment 
    51                                         double score = alignments.get(i, j).getAlignmentScore(); 
    52  
    53                                          
    54                                         // Scores of the sequence being aligned to itself (maximum 
    55                                         // score) 
    56                                         double sSelf1 = sameSequence1.getAlignmentScore(); 
    57                                         double sSelf2 = sameSequence2.getAlignmentScore(); 
    58                                         // Score of sequences shuffled before aligned 
    59                                         double sRand = randomSequence.getAlignmentScore(); 
    60  
    61                                         double sMax = (sSelf1 + sSelf2) / 2; 
    62                                         double sEff = (score - sRand) / (sMax - sRand); 
    63                                         if (sEff < 0) { 
    64                                                 sEff = 0; 
    65                                         } 
    66                                         double distance = -Math.log(sEff); 
    67  
    68                                         if (!Double.isInfinite(distance) && !Double.isNaN(distance)) { 
    69                                                 if (distance < alignments.getDistance(i, j)) { 
    70                                                         alignments.setDistance(i, j, distance); 
    71                                                 } 
    72                                         } 
    73                                         */ 
    7433                                } 
    7534                        } 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.