Changeset 1693


Ignore:
Timestamp:
08/24/14 21:12:44 (10 years ago)
Author:
rkrimmel
Message:

Creating more complex models...

Location:
branches
Files:
6 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • branches/autoquest-core-tasktrees-alignment-test/src/test/java/de/ugoe/cs/autoquest/tasktrees/temporalrelation/SequenceForTaskDetectionRuleAlignmentTest.java

    r1654 r1693  
    1717import org.junit.Test; 
    1818 
     19import de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.alignment.algorithms.Match; 
     20import de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.alignment.algorithms.NumberSequence; 
     21 
    1922/** 
    2023 * @author Patrick Harms 
    … …  
    2225public class SequenceForTaskDetectionRuleAlignmentTest extends AbstractTemporalRelationshipTC { 
    2326 
     27         
     28        @Test 
     29        public void test_MatchAsSequences() { 
     30                Match m1 = new Match(); 
     31                int[] pat1 = new int[]{2,1,3,-1,3,5,4,8,3,1}; 
     32                int[] pat2 = new int[]{1,2,3, 4,3,4,5,3,3,-1}; 
     33                NumberSequence ns1 = new NumberSequence(10); 
     34                NumberSequence ns2 = new NumberSequence(10); 
     35                ns1.setSequence(pat1); 
     36                ns2.setSequence(pat2); 
     37                m1.setFirstSequence(ns1); 
     38                m1.setSecondSequence(ns1); 
     39                 
     40                 
     41        } 
     42         
    2443    /** 
    2544     * 

  • branches/autoquest-core-tasktrees-alignment/src/main/java/de/ugoe/cs/autoquest/tasktrees/alignment/algorithms/Match.java

    r1657 r1693  
    1111        private LinkedList<MatchOccurence> occurences; 
    1212 
    13         Match() { 
     13        public Match() { 
    1414                matchseqs = new ArrayList<NumberSequence>(2); 
    1515                occurences = new LinkedList<MatchOccurence>(); 

  • branches/autoquest-core-tasktrees-alignment/src/main/java/de/ugoe/cs/autoquest/tasktrees/alignment/algorithms/NumberSequence.java

    r1665 r1693  
    4545 
    4646        //Recursive check if sequence contains pattern at position i 
    47         private boolean matches(int i, int[] p1, int[] p2 ,int ip1,int ip2,boolean jumped1,boolean jumped2) { 
     47        private boolean matches(int i,  
     48                                int[] p1,  
     49                                int[] p2 , 
     50                                int ip1, 
     51                                int ip2, 
     52                                boolean jumped1, //True if there was a gap in Sequence 1 of the pattern 
     53                                boolean jumped2, //True if there was a gap in Sequence 2 of the pattern 
     54                                boolean hadSelection, //True if the last match was a selection  
     55                                boolean matchseq1, 
     56                                boolean matchseq2) { 
    4857                 
    4958                if(p1.length==ip1) { 
    … …  
    5665                        return false; 
    5766                } 
    58                 if((p1[ip1]==sequence[i]||p2[ip2]==sequence[i]) && jumped1) { 
    59                         return matches(i+1,p1,p2,ip1+1,ip2+2,false,false); 
     67 
     68                boolean foundselection=(!(p1[ip1] == p2[ip2])&&!(p1[ip1]==-1||p2[ip2]==-1)); 
     69                boolean matchInFirstPattern = (p1[ip1]==sequence[i]); 
     70                boolean matchInSecondPattern = (p2[ip2]==sequence[i]); 
     71                 
     72                if(foundselection && hadSelection) { 
     73                        if((matchInFirstPattern && matchseq1) || (matchInSecondPattern && matchseq2)){ 
     74                                if(jumped1) { 
     75                                        return matches(i+1,p1,p2,ip1+1,ip2+2,false,false,foundselection,matchInFirstPattern,matchInSecondPattern); 
     76                                } 
     77                                if(jumped2) { 
     78                                        return matches(i+1,p1,p2,ip1+2,ip2+1,false,false,foundselection,matchInFirstPattern,matchInSecondPattern); 
     79                                } 
     80                                return matches(i+1,p1,p2,ip1+1,ip2+1,false,false,foundselection,matchInFirstPattern,matchInSecondPattern); 
     81                        }        
     82                        else { 
     83                                return false; 
     84                        } 
    6085                } 
    61                 if((p1[ip1]==sequence[i]||p2[ip2]==sequence[i]) && jumped2) { 
    62                         return matches(i+1,p1,p2,ip1+2,ip2+1,false,false); 
     86 
     87                if((matchInFirstPattern||matchInSecondPattern) && jumped1) { 
     88                        return matches(i+1,p1,p2,ip1+1,ip2+2,false,false,foundselection,matchInFirstPattern,matchInSecondPattern); 
    6389                } 
    64                 if(p1[ip1]==sequence[i]||p2[ip2]==sequence[i]) { 
    65                         return matches(i+1,p1,p2,ip1+1,ip2+1,false,false); 
     90                if((matchInFirstPattern||matchInSecondPattern) && jumped2) { 
     91                        return matches(i+1,p1,p2,ip1+2,ip2+1,false,false,foundselection,matchInFirstPattern,matchInSecondPattern); 
     92                } 
     93                if(matchInFirstPattern||matchInSecondPattern) { 
     94                        return matches(i+1,p1,p2,ip1+1,ip2+1,false,false,foundselection,matchInFirstPattern,matchInSecondPattern); 
    6695                } 
    6796                if(p1[ip1]==-1) { 
    68                         return matches(i,p1,p2,ip1+1,ip2,true,false); 
     97                        return matches(i,p1,p2,ip1+1,ip2,true,false,false,false,false); 
    6998                } 
    7099                if(p2[ip2]==-1) { 
    71                         return matches(i,p1,p2,ip1,ip2+1,false,true); 
     100                        return matches(i,p1,p2,ip1,ip2+1,false,true,false,false,false); 
    72101                } 
    73102         
    … …  
    83112 
    84113                while (i < sequence.length ) { 
    85                         if(matches(i,pat1,pat2,0,0,false,false)) { 
     114                        if(matches(i,pat1,pat2,0,0,false,false,false,false,false)) { 
    86115                                result.add(i); 
    87116                        } 

  • branches/autoquest-core-tasktrees-alignment/src/main/java/de/ugoe/cs/autoquest/tasktrees/alignment/matrix/ObjectDistanceSubstitionMatrix.java

    r1692 r1693  
    105105        } 
    106106         
    107         //TODO: Calculate distance here 
    108107        private float distanceBetweenTasks(ITask task1, ITask task2) { 
    109108                return 0; 

  • branches/autoquest-core-tasktrees-alignment/src/main/java/de/ugoe/cs/autoquest/tasktrees/temporalrelation/RuleUtils.java

    r1692 r1693  
    2424import de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.treeifc.ISequence; 
    2525import de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.treeifc.ISequenceInstance; 
     26import de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.treeifc.IStructuringTemporalRelationship; 
    2627import de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.treeifc.ITask; 
    2728import de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.treeifc.ITaskBuilder; 
    … …  
    102103         *  
    103104         * @return the replacement for the range 
     105         * @throws   
    104106         */ 
    105107        static ISequenceInstance createNewSubSequenceInRange( 
    106108                        ITaskInstanceList parent, int startIndex, int endIndex, 
    107                         ISequence model, ITaskFactory taskFactory, ITaskBuilder taskBuilder) { 
     109                        ISequence model, ITaskFactory taskFactory, ITaskBuilder taskBuilder)   { 
    108110                ISequenceInstance subsequence = taskFactory 
    109111                                .createNewTaskInstance(model); 
    110112                 
    111                 //for (int i=0; i<subsequence.getSequence().getChildren().size();i++) { 
    112                 //      System.out.println(subsequence.getSequence().getChildren().get(i));      
    113                 //} 
    114                 //System.out.println(); 
     113                // TODO: Debug output 
     114                                System.out.println("PRINTING MODEL: "); 
     115                                for (int i = 0; i < subsequence.getSequence().getChildren().size(); i++) { 
     116                                        System.out.println(subsequence.getSequence().getChildren().get(i)); 
     117 
     118                                        if (subsequence.getSequence().getChildren().get(i).getType() == "selection") { 
     119                                                for (int j = 0; j < ((ISelection) subsequence.getSequence().getChildren().get(i)) 
     120                                                                .getChildren().size(); j++) { 
     121                                                        if(((IStructuringTemporalRelationship) subsequence.getSequence().getChildren().get(i)).getChildren().get(j).getType() =="sequence") 
     122                                                        { 
     123                                                                ISequence foo =  (ISequence) ((ISelection) (subsequence.getSequence().getChildren().get(i))).getChildren().get(j); 
     124                                                                System.out.println("\t" + foo); 
     125                                                                for(int k=0; k< foo.getChildren().size();k++) { 
     126                                                                        System.out.println("\t\t" +foo.getChildren().get(k)); 
     127                                                                } 
     128                                                                System.out.println(); 
     129                                                        } 
     130                                                        else{ 
     131                                                                System.out.println("\t" 
     132                                                                                + ((ISelection) subsequence.getSequence().getChildren().get(i)) 
     133                                                                                                .getChildren().get(j)); 
     134                                                        } 
     135                                                 
     136                                                } 
     137                                        } 
     138                                 
     139                                } 
     140                                System.out.println(); 
     141                 
    115142                //TODO: This is dirty! 
    116143                missedOptionals=0; 
    … …  
    127154                                                 
    128155                                        if(((IMarkingTemporalRelationship) tempTask).getMarkedTask() == parent.get(startIndex).getTask()) { 
    129                                                 //System.out.println("Adding OptionalInstance " + parent.get(startIndex) + " to " + tempTask.getType()); 
     156                                                System.out.println("Adding OptionalInstance " + parent.get(startIndex) + " to " + tempTask.getType()); 
    130157                                                IOptionalInstance optional = taskFactory.createNewTaskInstance((IOptional) tempTask); 
    131158                                                taskBuilder.setChild(optional, parent.get(startIndex)); 
    … …  
    141168                                        }                                
    142169                        } else if (tempTask.getType() == "selection") { 
    143                                 //System.out.println("Adding SelectionInstance " + parent.get(startIndex) + " to " + tempTask.getType()); 
     170                                 
    144171                                ISelectionInstance selection = taskFactory.createNewTaskInstance((ISelection) tempTask); 
    145                                 taskBuilder.setChild(selection, parent.get(startIndex) ); 
     172                                ISelection tmpSel = (ISelection)tempTask; 
     173                                if(tmpSel.getChildren().get(0).getType() == "sequence" && tmpSel.getChildren().get(1).getType()=="sequence") { 
     174                                        System.out.println("Adding SequenceInstance " + parent.get(startIndex) + " to " + tempTask); 
     175                                        ISequenceInstance selseq = null; 
     176                                        System.out.println("IDS: " + parent.get(startIndex).getTask().getId() + " " +((ISequence)tmpSel.getChildren().get(0)).getChildren().get(0).getId()); 
     177                                        System.out.println("IDS: " + parent.get(startIndex).getTask().getId() + " " +((ISequence)tmpSel.getChildren().get(1)).getChildren().get(0).getId()); 
     178                                        if(parent.get(startIndex).getTask().getId() == ((ISequence)tmpSel.getChildren().get(0)).getChildren().get(0).getId()) { 
     179                                                selseq = taskFactory.createNewTaskInstance((ISequence) tmpSel.getChildren().get(0)); 
     180                                        } 
     181                                        else if(parent.get(startIndex).getTask().getId() == ((ISequence)tmpSel.getChildren().get(1)).getChildren().get(0).getId()) { 
     182                                                selseq = taskFactory.createNewTaskInstance((ISequence) tmpSel.getChildren().get(1)); 
     183                                        } 
     184                                        else { 
     185                                                //throw new Exception("Error while creating subsequence of a selection"); 
     186                                                 
     187                                                System.out.println("Error while creating subsequence of a selection"); 
     188                                        } 
     189                                         
     190                                        for (int k=0;k<selseq.getSequence().getChildren().size();k++) { 
     191                                                taskBuilder.addChild(selseq,parent.get(startIndex)); 
     192                                                taskBuilder.removeTaskInstance(parent, startIndex); 
     193                                                i++; 
     194                                        } 
     195                                        taskBuilder.setChild(selection, selseq); 
     196                                } 
     197                                else 
     198                                { 
     199                                        System.out.println("Adding SelectionInstance " + parent.get(startIndex) + " to " + tempTask); 
     200                                        taskBuilder.setChild(selection, parent.get(startIndex)); 
     201                                } 
    146202                                taskBuilder.addChild(subsequence,selection); 
    147203 
    148204                        } else if (tempTask.getType() == "sequence") { 
    149                                 //ISequenceInstance sequence = taskFactory.createNewTaskInstance((ISequence) tempTask); 
    150                                 //taskBuilder.addChild(sequence, parent.get(i)); 
    151                                 //taskBuilder.addChild(subsequence,sequence); 
     205                                System.out.println("Adding SequenceInstance " + parent.get(startIndex) + " to " + tempTask); 
     206                                ISequenceInstance sequence = taskFactory.createNewTaskInstance((ISequence) tempTask); 
     207                                taskBuilder.addChild(sequence, parent.get(i)); 
     208                                taskBuilder.addChild(subsequence,sequence); 
     209                                //taskBuilder.addChild(subsequence, parent.get(startIndex)); 
     210                        } else if (tempTask.getType() == "iteration") { 
     211                                System.out.println("Adding IterationInstance " + parent.get(startIndex) + " to " + tempTask); 
    152212                                taskBuilder.addChild(subsequence, parent.get(startIndex)); 
    153                         } else if (tempTask.getType() == "iteration") { 
    154                                 //IIterationInstance iteration = taskFactory.createNewTaskInstance((IIteration) tempTask); 
    155                                 //taskBuilder.addChild(iteration, parent.get(startIndex)); 
    156                                 //taskBuilder.addChild(subsequence, iteration); 
    157                                 taskBuilder.addChild(subsequence, parent.get(startIndex)); 
    158                                 //System.out.println("Adding IterationInstance " + parent.get(startIndex) + " to " + tempTask.getType()); 
    159213                        } else { 
    160                                 //System.out.println("Adding EventInstance " + parent.get(startIndex) + " to " + tempTask.getType()); 
     214                                System.out.println("Adding EventInstance " + parent.get(startIndex) + " to " + tempTask); 
    161215                                taskBuilder.addChild(subsequence, parent.get(startIndex)); 
    162216                        } 

  • branches/autoquest-core-tasktrees-alignment/src/main/java/de/ugoe/cs/autoquest/tasktrees/temporalrelation/SequenceForTaskDetectionRuleAlignment.java

    r1692 r1693  
    6868class SequenceForTaskDetectionRuleAlignment implements ISessionScopeRule { 
    6969 
    70          
    7170        private int iteration = 0; 
    7271        /** 
    … …  
    9291         */ 
    9392        private TaskHandlingStrategy preparationTaskHandlingStrategy; 
    94  
    9593 
    9694        /** 
    … …  
    139137        public RuleApplicationResult apply(List<IUserSession> sessions) { 
    140138                RuleApplicationData appData = new RuleApplicationData(sessions); 
    141                  
     139 
    142140                harmonizeEventTaskInstancesModel(appData); 
    143141                do { 
    144142                        iteration++; 
    145                          
     143 
    146144                        appData.detectedAndReplacedTasks = false; 
    147                         appData.getStopWatch().start("whole loop");  
     145                        appData.getStopWatch().start("whole loop"); 
    148146                        detectAndReplaceIterations(appData); 
    149                         appData.getStopWatch().start("task replacement");  
     147                        appData.getStopWatch().start("task replacement"); 
    150148                        detectAndReplaceTasks(appData); // 
    151                         appData.getStopWatch().stop("task replacement");  
     149                        appData.getStopWatch().stop("task replacement"); 
    152150                        appData.getStopWatch().stop("whole loop"); 
    153                         appData.getStopWatch().dumpStatistics(System.out);  
     151                        appData.getStopWatch().dumpStatistics(System.out); 
    154152                        appData.getStopWatch().reset(); 
    155153 
    … …  
    181179                                templist.getSequence()[j] = taskInstance.getTask().getId(); 
    182180                        } 
    183                         //System.out.println(); 
    184181                        // Each NumberSequence is identified by its id, beginning to count 
    185182                        // at zero 
    … …  
    207204                                "harmonizing task model of event task instances"); 
    208205                appData.getStopWatch().start("harmonizing event tasks"); 
    209                 SymbolMap<ITaskInstance, ITask> uniqueTasks = preparationTaskHandlingStrategy.createSymbolMap(); 
     206                SymbolMap<ITaskInstance, ITask> uniqueTasks = preparationTaskHandlingStrategy 
     207                                .createSymbolMap(); 
    210208 
    211209                TaskInstanceComparator comparator = preparationTaskHandlingStrategy 
    … …  
    223221 
    224222                                if (task == null) { 
    225                                         uniqueTasks.addSymbol(taskInstance, 
     223                                        uniqueTasks.addSymbol(taskInstance, taskInstance.getTask()); 
     224                                        appData.getUniqueTasks().add(taskInstance.getTask()); 
     225                                        appData.getNumber2Task().put( 
     226                                                        taskInstance.getTask().getId(), 
    226227                                                        taskInstance.getTask()); 
    227                                                         appData.getUniqueTasks().add(taskInstance.getTask()); 
    228                                                         appData.getNumber2Task().put(taskInstance.getTask().getId(),taskInstance.getTask()); 
    229228                                } else { 
    230229                                        taskBuilder.setTask(taskInstance, task); 
    … …  
    323322 
    324323                        IIteration iteration = taskFactory.createNewIteration(); 
    325                         appData.getUniqueTasks().add( iteration); 
     324                        appData.getUniqueTasks().add(iteration); 
    326325                        appData.getNumber2Task().put(iteration.getId(), iteration); 
    327326                        iterations.put(iteratedTask, iteration); 
    … …  
    350349                                                                .createNewTaskInstance(iteration); 
    351350                                                iterationInstances.get(iteration) 
    352                                                                 .add(iterationInstance);//TODO:: Don't create TaskInstances here, use a set of tasks instead 
     351                                                                .add(iterationInstance);// TODO:: Don't create 
     352                                                                                                                // TaskInstances here, 
     353                                                                                                                // use a set of tasks 
     354                                                                                                                // instead 
    353355                                                taskBuilder.addTaskInstance(session, index, 
    354356                                                                iterationInstance); 
    … …  
    366368                        } 
    367369                } 
    368                    
    369         for (Map.Entry<IIteration, List<IIterationInstance>> entry : iterationInstances.entrySet()) 
    370         { 
    371             harmonizeIterationInstancesModel(entry.getKey(), entry.getValue()); 
    372         } 
    373         } 
    374  
    375          
    376         /** 
    377      * <p> 
    378      * TODO clarify why this is done 
    379      * </p> 
    380      */ 
    381     private void harmonizeIterationInstancesModel(IIteration               iteration, 
    382                                                   List<IIterationInstance> iterationInstances) 
    383     { 
    384         List<ITask> iteratedTaskVariants = new LinkedList<ITask>(); 
    385         TaskInstanceComparator comparator = preparationTaskHandlingStrategy.getTaskComparator(); 
    386          
    387         // merge the lexically different variants of iterated task to a unique list  
    388         for (IIterationInstance iterationInstance : iterationInstances) { 
    389             for (ITaskInstance executionVariant : iterationInstance) { 
    390                 ITask candidate = executionVariant.getTask(); 
    391              
    392                 boolean found = false; 
    393                 for (ITask taskVariant : iteratedTaskVariants) { 
    394                     if (comparator.areLexicallyEqual(taskVariant, candidate)) { 
    395                         taskBuilder.setTask(executionVariant, taskVariant); 
    396                         found = true; 
    397                         break; 
    398                     } 
    399                 } 
    400                  
    401                 if (!found) { 
    402                     iteratedTaskVariants.add(candidate); 
    403                 } 
    404             } 
    405         } 
    406          
    407         // if there are more than one lexically different variant of iterated tasks, adapt the 
    408         // iteration model to be a selection of different variants. In this case also adapt 
    409         // the generated iteration instances to correctly contain selection instances. If there 
    410         // is only one variant of an iterated task, simply set this as the marked task of the 
    411         // iteration. In this case, the instances can be preserved as is 
    412         if (iteratedTaskVariants.size() > 1) { 
    413             ISelection selection = taskFactory.createNewSelection(); 
    414              
    415             for (ITask variant : iteratedTaskVariants) { 
    416                 taskBuilder.addChild(selection, variant); 
    417             } 
    418              
    419             taskBuilder.setMarkedTask(iteration, selection); 
    420              
    421             for (IIterationInstance instance : iterationInstances) { 
    422                 for (int i = 0; i < instance.size(); i++) { 
    423                     ISelectionInstance selectionInstance = 
    424                         taskFactory.createNewTaskInstance(selection); 
    425                     taskBuilder.setChild(selectionInstance, instance.get(i)); 
    426                     taskBuilder.setTaskInstance(instance, i, selectionInstance); 
    427                 } 
    428             } 
    429         } 
    430         else { 
    431             taskBuilder.setMarkedTask(iteration, iteratedTaskVariants.get(0)); 
    432         } 
    433     } 
    434  
    435  
    436         ISequence matchAsSequence(RuleApplicationData appData, Match m) { 
    437  
     370 
     371                for (Map.Entry<IIteration, List<IIterationInstance>> entry : iterationInstances 
     372                                .entrySet()) { 
     373                        harmonizeIterationInstancesModel(entry.getKey(), entry.getValue()); 
     374                } 
     375        } 
     376 
     377        /** 
     378         * <p> 
     379         * TODO clarify why this is done 
     380         * </p> 
     381         */ 
     382        private void harmonizeIterationInstancesModel(IIteration iteration, 
     383                        List<IIterationInstance> iterationInstances) { 
     384                List<ITask> iteratedTaskVariants = new LinkedList<ITask>(); 
     385                TaskInstanceComparator comparator = preparationTaskHandlingStrategy 
     386                                .getTaskComparator(); 
     387 
     388                // merge the lexically different variants of iterated task to a unique 
     389                // list 
     390                for (IIterationInstance iterationInstance : iterationInstances) { 
     391                        for (ITaskInstance executionVariant : iterationInstance) { 
     392                                ITask candidate = executionVariant.getTask(); 
     393 
     394                                boolean found = false; 
     395                                for (ITask taskVariant : iteratedTaskVariants) { 
     396                                        if (comparator.areLexicallyEqual(taskVariant, candidate)) { 
     397                                                taskBuilder.setTask(executionVariant, taskVariant); 
     398                                                found = true; 
     399                                                break; 
     400                                        } 
     401                                } 
     402 
     403                                if (!found) { 
     404                                        iteratedTaskVariants.add(candidate); 
     405                                } 
     406                        } 
     407                } 
     408 
     409                // if there are more than one lexically different variant of iterated 
     410                // tasks, adapt the 
     411                // iteration model to be a selection of different variants. In this case 
     412                // also adapt 
     413                // the generated iteration instances to correctly contain selection 
     414                // instances. If there 
     415                // is only one variant of an iterated task, simply set this as the 
     416                // marked task of the 
     417                // iteration. In this case, the instances can be preserved as is 
     418                if (iteratedTaskVariants.size() > 1) { 
     419                        ISelection selection = taskFactory.createNewSelection(); 
     420 
     421                        for (ITask variant : iteratedTaskVariants) { 
     422                                taskBuilder.addChild(selection, variant); 
     423                        } 
     424 
     425                        taskBuilder.setMarkedTask(iteration, selection); 
     426 
     427                        for (IIterationInstance instance : iterationInstances) { 
     428                                for (int i = 0; i < instance.size(); i++) { 
     429                                        ISelectionInstance selectionInstance = taskFactory 
     430                                                        .createNewTaskInstance(selection); 
     431                                        taskBuilder.setChild(selectionInstance, instance.get(i)); 
     432                                        taskBuilder.setTaskInstance(instance, i, selectionInstance); 
     433                                } 
     434                        } 
     435                } else { 
     436                        taskBuilder.setMarkedTask(iteration, iteratedTaskVariants.get(0)); 
     437                } 
     438        } 
     439 
     440        /** 
     441         * @param appData 
     442         * @param m 
     443         * @return 
     444         */ 
     445        public ISequence matchAsSequence(RuleApplicationData appData, Match m) { 
     446                 
     447                System.out.println("DEBUGGING MODEL GENERATION"); 
     448                System.out.println(); 
     449                 
    438450                ISequence sequence = taskFactory.createNewSequence(); 
    439451                appData.uniqueTasks.add(sequence); 
    440452                appData.number2task.put(sequence.getId(), sequence); 
    441                  
    442453 
    443454                int[] first = m.getFirstSequence().getSequence(); 
    … …  
    450461                        // far, just to handle it 
    451462                        if (first[i] == -1 && second[i] == -1) { 
    452                                 // TODO: Do nothing? 
     463                                // Do nothing here. 
    453464                        } 
    454465                        // Both events are equal, we can simply add the task referring to 
    … …  
    478489                                taskBuilder.addChild(sequence, optional); 
    479490                        } 
    480                         // Both tasks are not equal, we need to insert a selection here 
     491                        // Both tasks are not equal, we need to insert a selection here. 
     492                        // Check if the next position is not a selection 
     493                        else if (i < first.length - 1) { 
     494 
     495                                if ((first[i] != second[i]) 
     496                                                && ((first[i + 1] == second[i + 1] 
     497                                                                || first[i + 1] == -1 || second[i + 1] == -1))) { 
     498 
     499                                        ISelection selection = taskFactory.createNewSelection(); 
     500                                        appData.getUniqueTasks().add(selection); 
     501                                        appData.number2task.put(selection.getId(), selection); 
     502                                        taskBuilder.addChild(selection, appData.getNumber2Task() 
     503                                                        .get(first[i])); 
     504                                        taskBuilder.addChild(selection, appData.getNumber2Task() 
     505                                                        .get(second[i])); 
     506                                        taskBuilder.addChild(sequence, selection); 
     507                                } else { 
     508                                        System.out.println("SELECTION OF SEQUENCES FOUND!"); 
     509                                        boolean selectionfound = true; 
     510                                        ISelection selection = taskFactory.createNewSelection(); 
     511                                        appData.getUniqueTasks().add(selection); 
     512                                        appData.number2task.put(selection.getId(), selection); 
     513 
     514                                        ISequence subsequence1 = taskFactory.createNewSequence(); 
     515                                        appData.uniqueTasks.add(subsequence1); 
     516                                        appData.number2task.put(subsequence1.getId(), subsequence1); 
     517 
     518                                        ISequence subsequence2 = taskFactory.createNewSequence(); 
     519                                        appData.uniqueTasks.add(subsequence2); 
     520                                        appData.number2task.put(subsequence2.getId(), subsequence2); 
     521 
     522                                        taskBuilder.addChild(selection, subsequence1); 
     523                                        taskBuilder.addChild(selection, subsequence2); 
     524                                        taskBuilder.addChild(sequence,selection); 
     525                                        while (i < first.length - 1 && selectionfound) { 
     526                                                selectionfound = false; 
     527                                                taskBuilder.addChild(subsequence1, appData 
     528                                                                .getNumber2Task().get(first[i])); 
     529                                                taskBuilder.addChild(subsequence2, appData 
     530                                                                .getNumber2Task().get(second[i])); 
     531                                                if (first[i + 1] != second[i + 1] && first[i + 1] != -1 
     532                                                                && second[i + 1] != -1) { 
     533                                                        selectionfound = true; 
     534                                                } 
     535                                                i++; 
     536                                        } 
     537                                        if(i==first.length-1 && selectionfound) { 
     538                                                taskBuilder.addChild(subsequence1, appData 
     539                                                                .getNumber2Task().get(first[i])); 
     540                                                taskBuilder.addChild(subsequence2, appData 
     541                                                                .getNumber2Task().get(second[i])); 
     542                                        } 
     543                                } 
     544                        } 
     545 
    481546                        else { 
    482                                 ISelection selection = taskFactory.createNewSelection(); 
    483                                 appData.getUniqueTasks().add(selection); 
    484                                 appData.number2task.put(selection.getId(), selection); 
    485                                 taskBuilder.addChild(selection, 
    486                                                 appData.getNumber2Task().get(first[i])); 
    487                                 taskBuilder.addChild(selection, 
    488                                                 appData.getNumber2Task().get(second[i])); 
    489                                 taskBuilder.addChild(sequence, selection); 
    490                         } 
    491                 } 
    492  
    493                 // TODO: Debug output 
    494                 /* 
    495                  * for (int i =0;i<sequence.getChildren().size();i++) { 
    496                  * System.out.println(sequence.getChildren().get(i)); 
    497                  *  
    498                  * if(sequence.getChildren().get(i).getType() == "selection") { for(int 
    499                  * j=0; j< ((ISelection) 
    500                  * sequence.getChildren().get(i)).getChildren().size();j++) { 
    501                  * System.out.println("\t" +((ISelection) 
    502                  * sequence.getChildren().get(i)).getChildren().get(j)); } } } 
    503                  */ 
     547                                if ((first[i] != second[i])) { 
     548 
     549                                        ISelection selection = taskFactory.createNewSelection(); 
     550                                        appData.getUniqueTasks().add(selection); 
     551                                        appData.number2task.put(selection.getId(), selection); 
     552                                        taskBuilder.addChild(selection, appData.getNumber2Task() 
     553                                                        .get(first[i])); 
     554                                        taskBuilder.addChild(selection, appData.getNumber2Task() 
     555                                                        .get(second[i])); 
     556                                        taskBuilder.addChild(sequence, selection); 
     557                                } 
     558                        } 
     559 
     560                } 
    504561                return sequence; 
    505562        } 
    506  
    507563 
    508564        /** 
    … …  
    546602                        } 
    547603                } 
    548                  
     604 
    549605                Console.traceln(Level.FINEST, 
    550606                                "retrieving significant sequence pieces:  100%"); 
    … …  
    598654                        // well 
    599655                        if (matchseqs.get(i).occurenceCount() > 2) { 
    600                                  
     656 
    601657                                appData.detectedAndReplacedTasks = true; 
    602658                                ISequence task = matchAsSequence(appData, matchseqs.get(i)); 
    … …  
    604660                                                .get(i).getOccurences().iterator(); it.hasNext();) { 
    605661                                        MatchOccurence oc = it.next(); 
    606  
    607                                         if(iteration==-1) { 
    608                                           System.out.println("Trying to replace sequence: "); 
    609                                           matchseqs.get(i).getFirstSequence().printSequence(); 
    610                                           matchseqs.get(i).getSecondSequence().printSequence(); 
    611                                           System.out.println(" in session number: " + 
    612                                           (oc.getSequenceId() + 1) + " at position " + 
    613                                           (oc.getStartindex()) + "-" + oc.getEndindex()); 
    614                                           System.out.println(); 
     662                                         
     663                                        if (iteration > 0) { 
    615664                                          
    616  
    617                                           System.out.println("Printing session: "); 
    618                                          for (int j = 0; j < 
    619                                         appData.getSessions().get(oc.getSequenceId()).size(); 
    620                                          j++) { 
    621                                          System.out.println(j + ": " 
    622                                          + appData.getSessions().get(oc.getSequenceId()).get(j)); 
    623                                          } 
     665                                        System.out.println("Trying to replace sequence: "); 
     666                                        matchseqs.get(i).getFirstSequence().printSequence(); 
     667                                        matchseqs.get(i).getSecondSequence().printSequence(); 
     668                                        System.out.println(" in session number: " 
     669                                                        + (oc.getSequenceId() + 1) + " at position " 
     670                                                        + (oc.getStartindex()) + "-" + oc.getEndindex()); 
     671                                        System.out.println(); 
     672 
     673                                        System.out.println("Printing session: "); 
     674                                        for (int j = 0; j < appData.getSessions() 
     675                                                        .get(oc.getSequenceId()).size(); j++) { 
     676                                                System.out.println(j 
     677                                                                + ": " 
     678                                                                + appData.getSessions().get(oc.getSequenceId()) 
     679                                                                                .get(j)); 
    624680                                        } 
    625  
     681                                        } 
    626682                                        // Check if nothing has been replaced in the sequence we 
    627683                                        // want to replace 
    … …  
    687743        } 
    688744 
    689          
    690  
    691745        /** 
    692746     *  
    … …  
    696750                private HashMap<Integer, ITask> number2task; 
    697751 
    698                 //TODO: We Actually just need number2task here 
     752                // TODO: We Actually just need number2task here 
    699753                private HashSet<ITask> uniqueTasks; 
    700754 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.