Changeset 1724 for branches


Ignore:
Timestamp:
09/04/14 18:43:49 (10 years ago)
Author:
rkrimmel
Message:

Removing loading intermediate results from file, cause unexpected, weird behaviour

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • branches/autoquest-core-tasktrees-alignment/src/main/java/de/ugoe/cs/autoquest/tasktrees/temporalrelation/SequenceForTaskDetectionRuleAlignment.java

    r1723 r1724  
    195195        public RuleApplicationResult apply(List<IUserSession> sessions) { 
    196196                RuleApplicationData appData = new RuleApplicationData(sessions); 
    197                 File harmonized = new File("harmonized.dat"); 
    198                 if(harmonized.exists() && !harmonized.isDirectory()) {  
    199                         Console.traceln(Level.INFO,"loading harmonized sessions from file"); 
    200                         appData = loadAppData("harmonized"); 
    201                 } 
    202                 else { 
     197                //File harmonized = new File("harmonized.dat"); 
     198                //if(harmonized.exists() && !harmonized.isDirectory()) {  
     199                //      Console.traceln(Level.INFO,"loading harmonized sessions from file"); 
     200                //      appData = loadAppData("harmonized"); 
     201                //} 
     202                //else { 
    203203                        //appData.getStopWatch().start("harmonization"); 
    204204                        harmonizeEventTaskInstancesModel(appData); 
    … …  
    207207                        //Saving intermediate results to file 
    208208                        Console.traceln(Level.INFO,"saving substitution matrix to file"); 
    209                         saveAppData("harmonized"); 
    210                 } 
    211                  
    212                 File substitution = new File("substitution.dat"); 
    213                 if(!(substitution.exists() && !substitution.isDirectory())) {  
     209                        //saveAppData("harmonized"); 
     210                //} 
     211                 
     212                //File substitution = new File("substitution.dat"); 
     213                //if(!(substitution.exists() && !substitution.isDirectory())) {  
    214214                        Console.traceln(Level.INFO, "generating substitution matrix from " + appData.getUniqueTasks().size() + " unique tasks"); 
    215215                        appData.getStopWatch().start("substitution matrix"); 
    216216                        appData.getSubmat().generate(appData.getUniqueTasks()); 
    217217                        appData.getStopWatch().stop("substitution matrix"); 
    218                         GlobalDataContainer.getInstance().addData("substitution", appData); 
    219                         saveAppData("substitution"); 
    220                 } 
    221                 else { 
    222                         Console.traceln(Level.INFO,"loading substitution matrix from file"); 
    223                         appData = loadAppData("substitution"); 
    224                 } 
     218                //      GlobalDataContainer.getInstance().addData("substitution", appData); 
     219                //      saveAppData("substitution"); 
     220                //} 
     221                //else { 
     222                //      Console.traceln(Level.INFO,"loading substitution matrix from file"); 
     223                //      appData = loadAppData("substitution"); 
     224                //} 
    225225                 
    226226                 
    … …  
    229229                        Console.traceln(Level.INFO, "Iteration Number: " + iteration); 
    230230                        iteration++; 
    231          
    232231                        appData.detectedAndReplacedTasks = false; 
    233232                        appData.getStopWatch().start("whole loop"); 
    … …  
    654653                 
    655654                // Generate pairwise alignments 
    656                 appData.setMatchseqs(generatePairwiseAlignments(appData)); 
     655                //appData.setMatchseqs(generatePairwiseAlignments(appData)); 
     656                generatePairwiseAlignments(appData); 
    657657 
    658658                //Searching each match in all other sessions, counting its occurences 
    … …  
    687687                                                .get(i).getOccurences().iterator(); it.hasNext();) { 
    688688                                        MatchOccurence oc = it.next(); 
    689                                          
    690689                                         
    691690                                        // Check if nothing has been replaced in the sequence we 
    … …  
    732731                                                } 
    733732                                        } 
    734                                         System.out.println("Replacing"); 
     733                                        System.out.println("Replacing in sequence" + oc.getSequenceId()); 
    735734                                        ISequenceInstance sequenceInstances = RuleUtils 
    736735                                                        .createNewSubSequenceInRange(appData.getSessions() 
    … …  
    747746                        } 
    748747                } 
    749                 appData.setMatchseqs(null); 
     748                //appData.setMatchseqs(null); 
    750749                appData.getStopWatch().stop("replacing tasks"); 
    751750        } 
    … …  
    880879        } 
    881880 
    882         private LinkedList<Match> generatePairwiseAlignments(RuleApplicationData appData) { 
     881        //private LinkedList<Match> generatePairwiseAlignments(RuleApplicationData appData) { 
     882        private void generatePairwiseAlignments(RuleApplicationData appData) { 
    883883                int numberSeqSize = appData.getNumberSequences().size(); 
    884                 LinkedList<Match> result; 
     884                appData.matchseqs = new LinkedList<Match>(); 
    885885                //Checking if i have an already calculated file result of this action in the working directory  
    886                 File aligned = new File("aligned" + iteration + ".dat"); 
    887                 if(!(aligned.exists() && !aligned.isDirectory())) { 
    888                         Console.traceln(Level.INFO, "generating pairwise alignments from " + numberSeqSize + " sessions"); 
    889                         result = new LinkedList<Match>(); 
    890                          
     886                //File aligned = new File("aligned" + iteration + ".dat"); 
     887                //if(!(aligned.exists() && !aligned.isDirectory())) { 
     888                        Console.traceln(Level.INFO, "generating pairwise alignments from " + numberSeqSize + " sessions with " + nThreads + " threads"); 
    891889                        ExecutorService executor = Executors.newFixedThreadPool(nThreads); 
    892890                        int interval = Math.round(numberSeqSize/nThreads); 
    … …  
    901899                                int from = i; 
    902900                                int to = i+interval+offset; 
    903                                 System.out.println("Creating thread with matches from " + from + " to " + to); 
     901                                System.out.println("Creating thread for sessions " + from + " till " + to); 
    904902                                ParallelPairwiseAligner aligner = new ParallelPairwiseAligner(appData,from,to); 
    905903                                executor.execute(aligner); 
    … …  
    913911                        } 
    914912         
    915                         GlobalDataContainer.getInstance().addData("aligned" + iteration, appData); 
    916                         saveAppData("aligned" + iteration); 
    917                         return result; 
    918                 } 
    919                 else { 
    920                         Console.traceln(Level.INFO,"loading matches from file"); 
    921                         appData = loadAppData("aligned"+iteration); 
    922                         return appData.getMatchseqs(); 
    923                 } 
    924         } 
     913                        //GlobalDataContainer.getInstance().addData("aligned" + iteration, appData); 
     914                        //saveAppData("aligned" + iteration); 
     915                //      return result; 
     916                } 
     917                //else { 
     918                //      Console.traceln(Level.INFO,"loading matches from file"); 
     919                //      appData = loadAppData("aligned"+iteration); 
     920                //      return appData.getMatchseqs(); 
     921                //} 
    925922         
    926923 
    … …  
    980977                        submat= new ObjectDistanceSubstitionMatrix(6,-3,false); 
    981978                        newTasks = new LinkedList<ITask>(); 
    982                          
    983979                        this.detectedAndReplacedTasks = true; 
    984980                } 
    … …  
    988984                } 
    989985 
    990                 public void setMatchseqs(LinkedList<Match> matchseqs) { 
    991                         this.matchseqs = matchseqs; 
    992                 } 
    993986 
    994987                private ObjectDistanceSubstitionMatrix getSubmat() { 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.