Changeset 1323


Ignore:
Timestamp:
12/17/13 10:02:04 (10 years ago)
Author:
rkrimmel
Message:

Added Substitution Package, Fixed Array access error in SimpleSequenceGenerator?

Location:
trunk/autoquest-plugin-alignment
Files:
1 added
5 edited
4 moved

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • trunk/autoquest-plugin-alignment/pom.xml

    r1314 r1323  
    2323    <dependencies> 
    2424        <dependency> 
     25            <groupId>org.apache.maven.plugins</groupId> 
     26            <artifactId>maven-resources-plugin</artifactId> 
     27            <version>2.4.3</version> 
     28        </dependency> 
     29     
     30        <dependency> 
    2531            <groupId>de.ugoe.cs</groupId> 
    2632            <artifactId>java-utils</artifactId> 
    … …  
    4046            <groupId>de.ugoe.cs.autoquest</groupId> 
    4147            <artifactId>autoquest-core-usageprofiles</artifactId> 
    42             <version>${project.parent.version}</version> 
    4348        </dependency> 
    4449        <dependency> 
    … …  
    4651            <artifactId>autoquest-misc</artifactId> 
    4752            <version>${project.parent.version}</version> 
     53        </dependency> 
     54        <dependency> 
     55                <groupId>de.ugoe.cs.autoquest</groupId> 
     56                <artifactId>autoquest-core-tasktrees</artifactId> 
     57                <version>${project.parent.version}</version> 
    4858        </dependency> 
    4959    </dependencies> 
    … …  
    6373        </plugins> 
    6474    </build> 
     75    <dependencyManagement> 
     76        <dependencies> 
     77                <dependency> 
     78                        <groupId>de.ugoe.cs.autoquest</groupId> 
     79                        <artifactId>autoquest-core-usageprofiles</artifactId> 
     80                        <version>${project.parent.version}</version> 
     81                </dependency> 
     82        </dependencies> 
     83    </dependencyManagement> 
    6584</project> 

  • trunk/autoquest-plugin-alignment/src/main/java/de/ugoe/cs/autoquest/plugin/alignment/SmithWaterman.java

    r1314 r1323  
    33import java.util.ArrayList; 
    44import java.util.List; 
     5 
     6import de.ugoe.cs.autoquest.plugin.alignment.substitution.SubstitutionMatrix; 
    57 
    68public class SmithWaterman implements Alignment { 

  • trunk/autoquest-plugin-alignment/src/main/java/de/ugoe/cs/autoquest/plugin/alignment/commands/CMDbinaryAlignment.java

    r1314 r1323  
    2525import de.ugoe.cs.autoquest.CommandHelpers; 
    2626import de.ugoe.cs.autoquest.eventcore.Event; 
    27 import de.ugoe.cs.autoquest.plugin.alignment.NearbySubstitutionMatrix; 
    2827import de.ugoe.cs.autoquest.plugin.alignment.SmithWaterman; 
    29 import de.ugoe.cs.autoquest.plugin.alignment.DifferenceSubstitutionMatrix; 
    3028import de.ugoe.cs.autoquest.plugin.alignment.seqgen.RandomSequenceGenerator; 
     29import de.ugoe.cs.autoquest.plugin.alignment.seqgen.SimpleSequenceGenerator; 
     30import de.ugoe.cs.autoquest.plugin.alignment.substitution.DifferenceSubstitutionMatrix; 
     31import de.ugoe.cs.autoquest.plugin.alignment.substitution.NearbySubstitutionMatrix; 
     32import de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.manager.TaskTreeManager; 
     33import de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.taskequality.TaskEquality; 
     34import de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.temporalrelation.TaskInstanceComparator; 
     35import de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.temporalrelation.TaskHandlingStrategy; 
     36import de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.treeifc.ITask; 
     37import de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.treeifc.ITaskBuilder; 
     38import de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.treeifc.ITaskInstance; 
     39import de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.treeifc.IUserSession; 
     40import de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.treeimpl.TaskBuilder; 
     41import de.ugoe.cs.autoquest.usageprofiles.SymbolMap; 
    3142import de.ugoe.cs.util.console.Command; 
    3243import de.ugoe.cs.util.console.Console; 
    … …  
    4859         * @see de.ugoe.cs.util.console.Command#run(java.util.List) 
    4960         */ 
    50         @Override 
    5161        public void run(List<Object> parameters) { 
    5262                String sequencesName; 
    … …  
    6474                sequences = (Collection<List<Event>>) GlobalDataContainer.getInstance() 
    6575                                .getData(sequencesName); 
    66                 Console.println("Number of sequences: " + sequences.size()); 
    67                 for (Iterator<List<Event>> it = sequences.iterator(); it.hasNext();) { 
    68                         List<Event> ev = it.next(); 
    69                         RandomSequenceGenerator randgen1 = new RandomSequenceGenerator(1, 
    70                                         80, 3000); 
    71                         RandomSequenceGenerator randgen2 = new RandomSequenceGenerator(1, 
    72                                         80, 3000); 
    73                          
    74                         int[] seq1 = randgen1.generate(ev); 
    75                         int[] seq2 = randgen2.generate(ev); 
    76                         SmithWaterman sw = new SmithWaterman(seq1, seq2, 
    77                                         new NearbySubstitutionMatrix(seq1, seq2,10)); 
     76                                if(sequences != null) { 
     77                                        Console.println("Number of sequences: " + sequences.size()); 
    7878 
    79                         //sw.printDPMatrix(); 
    80                         System.out.println(); 
    81                         //sw.printAlignments(); 
    82                         sw.getMatches(); 
    83                         Console.println("Number of events in sequence: " + ev.size()); 
    84                 } 
     79                                        SimpleSequenceGenerator gen = new SimpleSequenceGenerator(); 
     80                                        gen.generate(sequences); 
     81                                        int[] seq1 = gen.get(0); 
     82                                        int[] seq2 = gen.get(0); 
     83                                        SmithWaterman sw = new SmithWaterman(seq1, seq2, 
     84                                                        new NearbySubstitutionMatrix(seq1, seq2, 10)); 
    8585 
    86         } 
     86                                //printDPMatrix(); 
     87                                System.out.println(); 
     88                                sw.printAlignments(); 
     89                                // sw.getMatches(); 
     90                                } 
     91                        } 
     92 
    8793 
    8894        /* 

  • trunk/autoquest-plugin-alignment/src/main/java/de/ugoe/cs/autoquest/plugin/alignment/seqgen/ISequenceGenerator.java

    r1320 r1323  
    11package de.ugoe.cs.autoquest.plugin.alignment.seqgen; 
    22 
     3import java.util.Collection; 
    34import java.util.List; 
     5 
    46import de.ugoe.cs.autoquest.eventcore.Event; 
    57 
    6 public interface SequenceGenerator { 
    7         public int[] generate(List<Event> eventList); 
     8public interface ISequenceGenerator { 
     9         
     10        public void generate(Collection<List<Event>> eventList); 
     11        public int[] get(int index); 
     12         
     13         
     14         
     15         
    816} 

  • trunk/autoquest-plugin-alignment/src/main/java/de/ugoe/cs/autoquest/plugin/alignment/seqgen/RandomSequenceGenerator.java

    r1314 r1323  
    11package de.ugoe.cs.autoquest.plugin.alignment.seqgen; 
    22import de.ugoe.cs.autoquest.eventcore.Event; 
     3 
     4import java.util.Collection; 
    35import java.util.List; 
    46 
    5 public class RandomSequenceGenerator implements SequenceGenerator { 
     7public class RandomSequenceGenerator implements ISequenceGenerator{ 
    68 
    79        private int min; 
    … …  
    2325                return result; 
    2426        } 
     27 
     28        @Override 
     29        public void generate(Collection<List<Event>> eventList) { 
     30                // TODO Auto-generated method stub 
     31                 
     32        } 
     33 
     34        @Override 
     35        public int[] get(int index) { 
     36                // TODO Auto-generated method stub 
     37                return null; 
     38        } 
    2539} 

  • trunk/autoquest-plugin-alignment/src/main/java/de/ugoe/cs/autoquest/plugin/alignment/seqgen/SimpleSequenceGenerator.java

    r1322 r1323  
    5757                                                uniqueTasks.addSymbol(taskInstance, 
    5858                                                                taskInstance.getTask()); 
     59                                                                templist[i]=taskInstance.getTask().getId(); 
    5960                                        } else { 
    6061                                                taskBuilder.setTask(taskInstance, task); 
    6162                                                unifiedTasks++; 
     63                                                templist[i]=task.getId(); 
     64                                                 
    6265                                        } 
    63                                         templist[i]=task.getId(); 
     66                                         
    6467                                } 
    6568 

  • trunk/autoquest-plugin-alignment/src/main/java/de/ugoe/cs/autoquest/plugin/alignment/substitution/DifferenceSubstitutionMatrix.java

    r1320 r1323  
    22 *  
    33 */ 
    4 package de.ugoe.cs.autoquest.plugin.alignment; 
     4package de.ugoe.cs.autoquest.plugin.alignment.substitution; 
    55 
    66/** 

  • trunk/autoquest-plugin-alignment/src/main/java/de/ugoe/cs/autoquest/plugin/alignment/substitution/NearbySubstitutionMatrix.java

    r1320 r1323  
    22 *  
    33 */ 
    4 package de.ugoe.cs.autoquest.plugin.alignment; 
     4package de.ugoe.cs.autoquest.plugin.alignment.substitution; 
    55 
    66/** 

  • trunk/autoquest-plugin-alignment/src/main/java/de/ugoe/cs/autoquest/plugin/alignment/substitution/SubstitutionMatrix.java

    r1320 r1323  
    1 package de.ugoe.cs.autoquest.plugin.alignment; 
     1package de.ugoe.cs.autoquest.plugin.alignment.substitution; 
    22 
    33public interface SubstitutionMatrix { 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.