Ignore:
Timestamp:
06/25/14 16:30:57 (10 years ago)
Author:
rkrimmel
Message:

Removing unneccessary debug output

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • branches/ralph/src/main/java/de/ugoe/cs/autoquest/tasktrees/temporalrelation/SequenceForTaskDetectionRuleAlignment.java

    r1572 r1576  
    1515package de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.temporalrelation; 
    1616 
    17 import java.io.File; 
    18 import java.io.FileNotFoundException; 
    19 import java.io.PrintWriter; 
     17 
    2018import java.util.ArrayList; 
    2119import java.util.HashMap; 
     
    2826import java.util.logging.Level; 
    2927 
    30 import de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.alignment.algorithms.FengDoolittle; 
     28 
    3129import de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.alignment.algorithms.NumberSequence; 
    3230import de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.alignment.algorithms.SmithWatermanRepeated; 
    3331import de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.alignment.matrix.ObjectDistanceSubstitionMatrix; 
    34 import de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.alignment.matrix.TriangleMatrix; 
    3532import de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.alignment.matrix.UPGMAMatrix; 
    3633import de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.alignment.pal.tree.UPGMATree; 
     
    171168                for (int i = 0; i < numberseqs.size(); i++) { 
    172169                        NumberSequence ns1 = numberseqs.get(i); 
    173                         //System.out.print("Sequence " + i + ": "); 
    174                         //ns1.printSequence(); 
    175170                        for (int j = 0; j < numberseqs.size(); j++) { 
    176171                                NumberSequence ns2 = numberseqs.get(j); 
     
    208203                                         
    209204                                        if(!Double.isInfinite(distance) && !Double.isNaN(distance)) { 
    210                                                 //System.out.println("Score: " + String.format("%5.1f", score) + " sRand: " + String.format("%5.1f", sRand) + " sMax: " + String.format("%6.1f", sMax)  + " distance: " + String.format("%2.3f",distance)); 
    211205                                                if(distance < sequenceDistances.get(i, j)) {     
    212206                                                        sequenceDistances.set(i,j,distance ); 
    213207                                                } 
    214208                                        } 
    215  
    216                                         if (score > 0) { 
    217                                                 /* 
    218                                                  * System.out.println( 
    219                                                  * "================================================="); 
    220                                                  * System.out.println("| Sequence " + 
    221                                                  * String.format("%3d", i) +" Sequence " + 
    222                                                  * String.format("%3d", j) + "                     |"); 
    223                                                  * System.out.println( 
    224                                                  * "================================================="); 
    225                                                  * System.out.print("Sequence " + i + ": "); 
    226                                                  * ns1.printSequence(); System.out.print("Sequence " + j 
    227                                                  * + ": "); ns2.printSequence(); System.out.println(); 
    228                                                  * //System.out.println("Max Scrore: " + 
    229                                                  * sw.getMaxScore()); 
    230                                                  * System.out.println("Alignment Score: " + 
    231                                                  * sw.getAlignmentScore()); //sw.printDPMatrix(); 
    232                                                  * sw.traceback(); System.out.println(); 
    233                                                  * System.out.println(); 
    234                                                  */ 
    235                                         } 
    236                                 } 
    237                         } 
    238                 } 
    239                 System.out.println(sequenceDistances.toString()); 
     209                                } 
     210                        } 
     211                } 
    240212                UPGMATree guidetree = new UPGMATree(numberseqs, sequenceDistances); 
    241                 System.out.println(guidetree.toString()); 
    242213                 
     214                /* 
    243215                do { 
    244216                        System.out.println(); 
     
    256228                        // appData.getStopWatch().reset(); 
    257229 
    258                 } while (appData.detectedAndReplacedTasks()); 
     230                } while (appData.detectedAndReplacedTasks()); */ 
    259231 
    260232                Console.println("created " 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.