Ignore:
Timestamp:
06/25/14 16:31:25 (10 years ago)
Author:
rkrimmel
Message:

Finished UPGMA implementation

Location:
branches/ralph/src/main/java/de/ugoe/cs/autoquest/tasktrees/alignment/pal/tree
Files:
3 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • branches/ralph/src/main/java/de/ugoe/cs/autoquest/tasktrees/alignment/pal/tree/FengDoolittleNode.java

    r1573 r1577  
    165165        } 
    166166 
     167        public void addSequence(NumberSequence s) { 
     168                sequences.add(s); 
     169        } 
     170         
     171         
    167172        /** 
    168173         * Returns the sequence at this node, in the form of a String. 
     
    424429                newNode.addChild(child1); 
    425430                newNode.addChild(child2); 
     431                newNode.setIdentifier(new Identifier(child1.getIdentifier().getName() + " " + child2.getIdentifier().getName())); 
     432                System.out.println("Merging " + child1.getIdentifier() + " with " + child2.getIdentifier()); 
    426433                 
    427434                if(newNode instanceof FengDoolittleNode) { 
  • branches/ralph/src/main/java/de/ugoe/cs/autoquest/tasktrees/alignment/pal/tree/Node.java

    r1573 r1577  
    137137        void joinChildren( int n1, int n2); 
    138138 
     139        void addSequence(NumberSequence numberSequence); 
     140 
    139141 
    140142         
  • branches/ralph/src/main/java/de/ugoe/cs/autoquest/tasktrees/alignment/pal/tree/UPGMATree.java

    r1573 r1577  
    4848                } 
    4949         
    50                  
     50                this.numberseqs = numberseqs; 
    5151                init(m); 
    5252 
     
    104104                        Node tmp = NodeFactory.createNode(); 
    105105                        tmp.setIdentifier(new Identifier(Integer.toString(i))); 
    106                         tmp.setSequence(0, numberseqs.get(i)); 
     106                        tmp.addSequence(numberseqs.get(i)); 
    107107                        getRoot().addChild(tmp); 
    108108                } 
     
    147147                abi = alias[besti]; 
    148148                abj = alias[bestj]; 
    149                 System.out.println("Found best pair: " + abi + "/" +abj + " - "+ besti+ "/"+bestj +" with distance " + dmin); 
     149                //System.out.println("Found best pair: " + abi + "/" +abj + " - "+ besti+ "/"+bestj +" with distance " + dmin); 
    150150                 
    151151        } 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.