Changeset 1580


Ignore:
Timestamp:
06/25/14 22:22:39 (10 years ago)
Author:
rkrimmel
Message:

Further code cleanup

Location:
branches/ralph/src/main/java/de/ugoe/cs/autoquest/tasktrees
Files:
2 deleted
9 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • branches/ralph/src/main/java/de/ugoe/cs/autoquest/tasktrees/alignment/algorithms/NumberSequence.java

    r1568 r1580  
    11package de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.alignment.algorithms; 
    22 
    3 import java.io.Serializable; 
    4 import java.util.ArrayList; 
     3 
    54import java.util.Random; 
    65 
    7 public class NumberSequence implements Serializable { 
     6public class NumberSequence { 
    87        private int[] sequence; 
    98        private int signature; 

  • branches/ralph/src/main/java/de/ugoe/cs/autoquest/tasktrees/alignment/matrix/DifferenceSubstitutionMatrix.java

    r1578 r1580  
    44package de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.alignment.matrix; 
    55 
    6 import java.util.Collection; 
    7 import java.util.List; 
    8  
    9 import de.ugoe.cs.autoquest.eventcore.Event; 
    10 import de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.treeifc.IUserSession; 
    116 
    127/** 

  • branches/ralph/src/main/java/de/ugoe/cs/autoquest/tasktrees/alignment/matrix/NearbySubstitutionMatrix.java

    r1578 r1580  
    33 */ 
    44package de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.alignment.matrix; 
    5  
    6 import java.util.Collection; 
    7 import java.util.List; 
    8  
    9 import de.ugoe.cs.autoquest.eventcore.Event; 
    10 import de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.treeifc.IUserSession; 
    115 
    126/** 

  • branches/ralph/src/main/java/de/ugoe/cs/autoquest/tasktrees/alignment/matrix/UPGMAMatrix.java

    r1572 r1580  
    11package de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.alignment.matrix; 
    22 
    3 import de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.alignment.pal.misc.Identifier; 
    43 
    54 

  • branches/ralph/src/main/java/de/ugoe/cs/autoquest/tasktrees/alignment/pal/tree/FengDoolittleNode.java

    r1579 r1580  
    374374                newNode.addChild(child2); 
    375375                newNode.setIdentifier(new Identifier(child1.getIdentifier().getName() + " " + child2.getIdentifier().getName())); 
    376                 System.out.println("Merging " + child1.getIdentifier() + " with " + child2.getIdentifier()); 
     376                //System.out.println("Merging " + child1.getIdentifier() + " with " + child2.getIdentifier()); 
    377377                 
    378378                if(newNode instanceof FengDoolittleNode) { 
    … …  
    410410                } 
    411411                else { 
    412                          
     412                        System.out.println("This should never happen, it's a binary tree."); 
    413413                } 
    414414                 

  • branches/ralph/src/main/java/de/ugoe/cs/autoquest/tasktrees/alignment/pal/tree/Node.java

    r1577 r1580  
    134134        ArrayList<NumberSequence> getSequences(); 
    135135         
    136          
    137136        void joinChildren( int n1, int n2); 
    138137 

  • branches/ralph/src/main/java/de/ugoe/cs/autoquest/tasktrees/alignment/pal/tree/NodeUtils.java

    r1579 r1580  
    99package de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.alignment.pal.tree; 
    1010 
    11 import java.io.*; 
    12  
    13 import de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.alignment.pal.io.FormattedOutput; 
     11 
    1412import de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.alignment.pal.misc.Identifier; 
    1513 
    … …  
    377375        } 
    378376 
    379         /** 
    380          * prints node in New Hamshire format. 
    381          */ 
    382         static void printNH(PrintWriter out, Node node, 
    383                 boolean printLengths, boolean printInternalLabels) { 
    384  
    385                 printNH(out, node, printLengths, printInternalLabels, 0, true); 
    386         } 
    387  
    388  
    389         static int printNH(PrintWriter out, Node node, 
    390                 boolean printLengths, boolean printInternalLabels, int column, boolean breakLines) { 
    391  
    392                 if (breakLines) column = breakLine(out, column); 
    393  
    394                 if (!node.isLeaf()) 
    395                 { 
    396                         out.print("("); 
    397                         column++; 
    398  
    399                         for (int i = 0; i < node.getChildCount(); i++) 
    400                         { 
    401                                 if (i != 0) 
    402                                 { 
    403                                         out.print(","); 
    404                                         column++; 
    405                                 } 
    406  
    407                                 column = printNH(out, node.getChild(i), printLengths, printInternalLabels, column, breakLines); 
    408                         } 
    409  
    410                         out.print(")"); 
    411                         column++; 
    412                 } 
    413  
    414                 if (!node.isRoot()) 
    415                 { 
    416                         if (node.isLeaf() || printInternalLabels) 
    417                         { 
    418                                 if (breakLines) column = breakLine(out, column); 
    419  
    420                                 String id = node.getIdentifier().toString(); 
    421                                 out.print(id); 
    422                                 column += id.length(); 
    423                         } 
    424  
    425                         if (printLengths) 
    426                         { 
    427                                 out.print(":"); 
    428                                 column++; 
    429  
    430                                 if (breakLines) column = breakLine(out, column); 
    431  
    432                                 column += FormattedOutput.getInstance().displayDecimal(out, node.getBranchLength(), 7); 
    433                         } 
    434                 } 
    435  
    436                 return column; 
    437         } 
    438  
    439         private static int breakLine(PrintWriter out, int column) 
    440         { 
    441                 if (column > 70) 
    442                 { 
    443                         out.println(); 
    444                         column = 0; 
    445                 } 
    446  
    447                 return column; 
    448         } 
     377 
     378 
     379 
    449380        /** 
    450381         * Returns the first nodes in this tree that has the 

  • branches/ralph/src/main/java/de/ugoe/cs/autoquest/tasktrees/alignment/pal/tree/SimpleTree.java

    r1579 r1580  
    88 
    99package de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.alignment.pal.tree; 
    10  
    11 import java.io.PrintWriter; 
    12 import java.io.StringWriter; 
    13  
    1410 
    1511import de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.alignment.pal.misc.Identifier; 
    … …  
    198194 
    199195 
    200         public String toString() { 
    201                 StringWriter sw = new StringWriter(); 
    202                 NodeUtils.printNH(new PrintWriter(sw), getRoot(), false, true, 0, true); 
    203                 sw.write(";"); 
    204                 return sw.toString(); 
    205         } 
    206  
    207  
    208  
    209  
    210196 
    211197 

  • branches/ralph/src/main/java/de/ugoe/cs/autoquest/tasktrees/temporalrelation/SequenceForTaskDetectionRuleAlignment.java

    r1579 r1580  
    4646import de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.treeifc.IUserSession; 
    4747import de.ugoe.cs.autoquest.usageprofiles.SymbolMap; 
    48 import de.ugoe.cs.autoquest.usageprofiles.Trie; 
    4948import de.ugoe.cs.autoquest.usageprofiles.TrieProcessor; 
    5049import de.ugoe.cs.util.StopWatch; 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.