Changeset 1615 for branches/ralph/src


Ignore:
Timestamp:
07/15/14 15:56:46 (10 years ago)
Author:
rkrimmel
Message:

Fixed bug in needlemanwunsch traceback

Location:
branches/ralph/src/main/java/de/ugoe/cs/autoquest/tasktrees
Files:
3 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • branches/ralph/src/main/java/de/ugoe/cs/autoquest/tasktrees/alignment/algorithms/NeedlemanWunsch.java

    r1612 r1615  
    154154                LinkedList<Integer> aligned1 = new LinkedList<Integer>(); 
    155155                LinkedList<Integer> aligned2 = new LinkedList<Integer>(); 
    156                 do { 
     156                while (tmp.getPrevious() != null) { 
    157157                         
    158158                        aligned1.add(new Integer(tmp.getXvalue())); 
     
    160160 
    161161                        tmp = tmp.getPrevious(); 
    162  
    163                 } while (tmp != null); 
     162                }  
    164163                 
    165164                // reverse order of the alignment 
     
    168167 
    169168                int count = 0; 
    170                 for (Iterator<Integer> it = aligned1.descendingIterator(); it.hasNext();) { 
     169                for (Iterator<Integer> it = aligned1.iterator(); it.hasNext();) { 
    171170                        count++; 
    172171                        reversed1[reversed1.length - count] = it.next(); 
     
    174173                } 
    175174                count = 0; 
    176                 for (Iterator<Integer> it = aligned2.descendingIterator(); it.hasNext();) { 
     175                for (Iterator<Integer> it = aligned2.iterator(); it.hasNext();) { 
    177176                        count++; 
    178177                        reversed2[reversed2.length - count] = it.next(); 
  • branches/ralph/src/main/java/de/ugoe/cs/autoquest/tasktrees/alignment/matrix/ObjectDistanceSubstitionMatrix.java

    r1587 r1615  
    2121        private SymbolMap<ITaskInstance, ITask> uniqueTasks; 
    2222        private double gapPenalty;  
     23         
    2324        private double positiveThreshold; 
    2425         
     
    2930                idmapping = new HashMap<Integer, Integer>(); 
    3031                matrix = new TriangleMatrix(uniqueTasks.size()+1); 
    31                 gapPenalty = -2; 
     32                gapPenalty = -3; 
    3233                 
    3334        } 
    3435 
    35         @Override 
     36 
    3637        public double getGapPenalty() { 
    3738                return gapPenalty; 
    3839        } 
     40         
     41        public void setGapPenalty(double gapPenalty) { 
     42                this.gapPenalty = gapPenalty; 
     43        } 
    3944 
    40         @Override 
    4145        public void generate() { 
    4246         
  • branches/ralph/src/main/java/de/ugoe/cs/autoquest/tasktrees/temporalrelation/SequenceForTaskDetectionRuleAlignment.java

    r1612 r1615  
    170170                        } 
    171171                } 
     172                 
    172173                AlignmentAlgorithmFactory.setDefaultAlgorithm("de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.alignment.algorithms.NeedlemanWunsch"); 
     174                 
     175                 
    173176                PairwiseAlignmentStorage matchAlignments = PairwiseAlignmentGenerator.generate(numberseqs, submat); 
    174177                UPGMAAligningTree guidetree = new UPGMAAligningTree(matchseqs,matchAlignments,submat); 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.