Ignore:
Timestamp:
07/23/14 18:18:11 (10 years ago)
Author:
rkrimmel
Message:

More intelligent match finding and creation

Location:
branches/ralph/src/main/java/de/ugoe/cs/autoquest/tasktrees/alignment/algorithms
Files:
3 added
5 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • branches/ralph/src/main/java/de/ugoe/cs/autoquest/tasktrees/alignment/algorithms/AlignmentAlgorithm.java

    r1612 r1620  
    66 
    77public interface AlignmentAlgorithm { 
    8  
    9         public abstract void align(int[] input1, int[] input2, SubstitutionMatrix submat,float threshold); 
    108         
    119        /** 
    … …  
    2018        public abstract void printAlignment(); 
    2119 
    22         public abstract ArrayList<ArrayList<NumberSequence>> getMatches(); 
     20        public abstract ArrayList<Match> getMatches(); 
     21 
     22        void align(NumberSequence input1, NumberSequence input2, 
     23                        SubstitutionMatrix submat, float threshold); 
    2324 
    2425} 

  • branches/ralph/src/main/java/de/ugoe/cs/autoquest/tasktrees/alignment/algorithms/NeedlemanWunsch.java

    r1616 r1620  
    260260 
    261261        @Override 
    262         public ArrayList<ArrayList<NumberSequence>> getMatches() { 
     262        public ArrayList<Match> getMatches() { 
    263263                // TODO Auto-generated method stub 
    264264                return null; 
    … …  
    266266 
    267267        @Override 
    268         public void align(int[] input1, int[] input2, SubstitutionMatrix submat, 
     268        public void align(NumberSequence input1, NumberSequence input2, SubstitutionMatrix submat, 
    269269                        float threshold) { 
    270                 this.input1 = input1; 
    271                 this.input2 = input2; 
    272                 length1 = input1.length; 
    273                 length2 = input2.length; 
     270                this.input1 = input1.getSequence(); 
     271                this.input2 = input2.getSequence(); 
     272                length1 = input1.size(); 
     273                length2 = input2.size(); 
    274274                this.submat = submat; 
    275275 

  • branches/ralph/src/main/java/de/ugoe/cs/autoquest/tasktrees/alignment/algorithms/NumberSequence.java

    r1619 r1620  
    66public class NumberSequence { 
    77        private int[] sequence; 
    8         private int signature; 
     8        private int id; 
     9 
     10        public ArrayList<Match> getMatches() { 
     11                return matches; 
     12        } 
     13 
     14 
     15        public void setMatches(ArrayList<Match> matches) { 
     16                this.matches = matches; 
     17        } 
     18         
     19        public void addMatches(ArrayList<Match> matches) { 
     20                this.matches.addAll(matches); 
     21        } 
     22 
     23        private ArrayList<Match> matches; 
    924 
    1025        public NumberSequence(int size) { 
    … …  
    1227                sequence = new int[size]; 
    1328        } 
    14  
     29         
    1530        public int[] getSequence() { 
    1631                return sequence; 
    … …  
    2136        } 
    2237 
    23         public int getSignature() { 
    24                 return signature; 
    25         } 
    26  
    27         public void setSignature(int signature) { 
    28                 this.signature = signature; 
    29         } 
     38         
    3039 
    3140        public void printSequence() { 
    … …  
    3847        public NumberSequence shuffle() { 
    3948                NumberSequence result = new NumberSequence(sequence.length); 
     49                result.setId(getId()); 
    4050                result.setSequence(this.sequence); 
    4151                Random rgen = new Random(); 
    … …  
    5161        } 
    5262 
    53         // TODO: This can be done faster 
    54         public int containsPattern(ArrayList<NumberSequence> pattern) { 
     63 
     64        public int containsPattern(Match pattern) { 
    5565                int i = 0; 
    5666                int count = 0; 
    57                 int[] pat1 = pattern.get(0).getSequence(); 
    58                 int[] pat2 = pattern.get(1).getSequence(); 
     67                int[] pat1 = pattern.getFirstSequence().getSequence(); 
     68                int[] pat2 = pattern.getSecondSequence().getSequence(); 
    5969                notmatched: while (i < sequence.length - pat1.length) { 
    6070                        if (sequence[i] == pat1[0] || sequence[i] == pat2[0]) { 
    61                                 for (int j = 0; j < pat1.length; j++) { 
    62                                         if (sequence[i + j] != pat1[j] 
    63                                                         && sequence[i + j] != pat2[j]) { 
     71                                int ipat1 =0; 
     72                                int ipat2 =0; 
     73                                while(ipat1 < pat1.length && ipat2<pat2.length) { 
     74                                        if(pat1[ipat1]==-1) { 
     75                                                ipat1++; 
     76                                                continue; 
     77                                        } 
     78                                        if(pat2[ipat2]==-1) { 
     79                                                ipat2++; 
     80                                                continue; 
     81                                        } 
     82                                        if (sequence[i + ipat1] != pat1[ipat1] 
     83                                                        && sequence[i + ipat2] != pat2[ipat2]) { 
    6484                                                i++; 
    6585                                                continue notmatched; 
    6686                                        } 
     87                                        ipat1++; 
     88                                        ipat2++; 
    6789                                } 
    6890                                count++; 
    … …  
    7294                return count; 
    7395        } 
     96         
     97        //Returns the number of times event occurs in this sequence 
     98        public int eventCount(int event) { 
     99                int count = 0; 
     100                for(int i=0;i<sequence.length;i++) { 
     101                        if(sequence[i] == event) { 
     102                                count++; 
     103                        } 
     104                } 
     105                return count; 
     106        } 
    74107 
    75108        public int size() { 
    76109                return sequence.length; 
    77110        } 
     111 
     112 
     113        public int getId() { 
     114                return id; 
     115        } 
     116 
     117 
     118        public void setId(int id) { 
     119                this.id = id; 
     120        } 
    78121} 

  • branches/ralph/src/main/java/de/ugoe/cs/autoquest/tasktrees/alignment/algorithms/SmithWaterman.java

    r1612 r1620  
    265265 
    266266        @Override 
    267         public ArrayList<ArrayList<NumberSequence>> getMatches() { 
     267        public ArrayList<Match> getMatches() { 
    268268                // TODO Auto-generated method stub 
    269269                return null; 
    … …  
    271271 
    272272        @Override 
    273         public void align(int[] input1, int[] input2, SubstitutionMatrix submat, 
     273        public void align(NumberSequence input1, NumberSequence input2, SubstitutionMatrix submat, 
    274274                        float threshold) { 
    275                 this.input1 = input1; 
    276                 this.input2 = input2; 
    277                 length1 = input1.length; 
    278                 length2 = input2.length; 
     275                this.input1 = input1.getSequence(); 
     276                this.input2 = input2.getSequence(); 
     277                length1 = input1.size(); 
     278                length2 = input2.size(); 
    279279                this.submat = submat; 
    280280 

  • branches/ralph/src/main/java/de/ugoe/cs/autoquest/tasktrees/alignment/algorithms/SmithWatermanRepeated.java

    r1619 r1620  
    231231                ns1.setSequence(reversed1); 
    232232                ns2.setSequence(reversed2); 
    233  
    234                 alignment.add(ns1); 
    235                 alignment.add(ns2); 
     233                ns1.setId(alignment.get(0).getId()); 
     234                ns2.setId(alignment.get(1).getId()); 
     235                 
     236                alignment.set(0, ns1); 
     237                alignment.set(1, ns2); 
    236238        } 
    237239         
    … …  
    272274        } 
    273275         
    274         public ArrayList<ArrayList<NumberSequence>> getMatches() { 
    275                 ArrayList<ArrayList<NumberSequence>> result = new ArrayList<ArrayList<NumberSequence>>(); 
     276        public ArrayList<Match> getMatches() { 
     277                ArrayList<Match> result = new ArrayList<Match>(); 
    276278                 
    277279                //both alignment sequences should be equally long 
    … …  
    288290                                        count++; 
    289291                                } 
    290                                 //I am really missing memcpy here  
     292                                //I am really missing memcpy here? How does one do this better in java?  
    291293                                int[] tmp1 = new int[count]; 
    292294                                int[] tmp2 = new int[count]; 
    … …  
    299301                                tmpns1.setSequence(tmp1); 
    300302                                tmpns2.setSequence(tmp2); 
    301                                 ArrayList<NumberSequence> tmpal = new ArrayList<NumberSequence>(); 
    302                                 tmpal.add(tmpns1); 
    303                                 tmpal.add(tmpns2); 
     303                                Match tmpal = new Match(); 
     304                                tmpal.setFirstSequence(tmpns1); 
     305                                tmpal.setSecondSequence(tmpns2); 
     306                                tmpal.addOccurence(new MatchOccurence(start,alignment.get(0).getId())); 
     307                                tmpal.addOccurence(new MatchOccurence(start,alignment.get(1).getId())); 
    304308                                result.add(tmpal); 
    305309                        } 
    306310                        i++; 
    307311                } 
    308                  
    309                  
    310                  
    311                  
    312                  
    313                  
    314312                return result; 
    315                  
    316313        } 
    317314         
    … …  
    354351 
    355352        @Override 
    356         public void align(int[] input1, int[] input2, SubstitutionMatrix submat, 
     353        public void align(NumberSequence input1, NumberSequence input2, SubstitutionMatrix submat, 
    357354                        float threshold) { 
    358                 this.input1 = input1; 
    359                 this.input2 = input2; 
    360                 length1 = input1.length; 
    361                 length2 = input2.length; 
     355                 
     356                alignment = new ArrayList<NumberSequence>(); 
     357                alignment.add(input1); 
     358                alignment.add(input2); 
     359                 
     360                this.input1=input1.getSequence(); 
     361                this.input2=input2.getSequence(); 
     362                 
     363                length1 = input1.size(); 
     364                length2 = input2.size(); 
    362365                this.submat = submat; 
    363366 
    … …  
    367370                 
    368371                matrix = new MatrixEntry[length1+2][length2+1]; 
    369                 alignment = new ArrayList<NumberSequence>(); 
     372                 
    370373                 
    371374                for (int i = 0; i <= length1+1; i++) { 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.