Ignore:
Timestamp:
08/03/14 22:53:27 (10 years ago)
Author:
rkrimmel
Message:

Adding tests to some classes.

Location:
branches/autoquest-core-tasktrees-alignment/src/main/java/de/ugoe/cs/autoquest/tasktrees
Files:
1 added
3 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • TabularUnified branches/autoquest-core-tasktrees-alignment/src/main/java/de/ugoe/cs/autoquest/tasktrees/alignment/algorithms/AlignmentAlgorithm.java

    r1620 r1649  
    1919 
    2020        public abstract ArrayList<Match> getMatches(); 
     21         
     22        public double getMaxScore(); 
    2123 
    2224        void align(NumberSequence input1, NumberSequence input2, 
  • TabularUnified branches/autoquest-core-tasktrees-alignment/src/main/java/de/ugoe/cs/autoquest/tasktrees/alignment/algorithms/SmithWatermanRepeated.java

    r1620 r1649  
    102102                                //position of the maximal score of the previous row 
    103103                                 
    104                                 for(int j = 2; j < length2;j++) { 
     104                                for(int j = 2; j <= length2;j++) { 
    105105                                        if(matrix[i-1][j].getScore() > tempMax) { 
    106106                                                tempMax = matrix[i-1][j].getScore(); 
     
    122122                         
    123123                        //The last additional score is not related to a character in the input sequence, it's the total score. Therefore we don't need to save something for it 
    124                         if(i<length1+1)  
    125                         { 
     124                        //and can end here 
     125                        if(i<length1+1) { 
    126126                                matrix[i][0].setXvalue(input1[i-1]); 
    127127                                matrix[i][0].setYvalue(Constants.UNMATCHED_SYMBOL); 
    128128                        } 
    129                         else {  
    130                         //End after we calculated final score 
     129                        else { 
    131130                                return; 
    132131                        } 
    133                          
    134                          
    135                         for (int j = 1; j < length2; j++) { 
     132                  
     133                         
     134                         
     135                        for (int j = 1; j <= length2; j++) { 
    136136                                double diagScore = matrix[i - 1][j - 1].getScore() + similarity(i, j); 
    137137                                double upScore = matrix[i][j - 1].getScore() + submat.getGapPenalty(); 
     
    181181                // skip the first row and column 
    182182                for (int i = 1; i <= length1; i++) { 
    183                         for (int j = 1; j < length2; j++) { 
     183                        for (int j = 1; j <= length2; j++) { 
    184184                                if (matrix[i][j].getScore() > maxScore) { 
    185185                                        maxScore = matrix[i][j].getScore(); 
     
    373373                 
    374374                for (int i = 0; i <= length1+1; i++) { 
    375                         for(int j = 0; j< length2; j++) { 
     375                        for(int j = 0; j<= length2; j++) { 
    376376                                matrix[i][j] = new MatrixEntry(); 
    377377                        } 
  • TabularUnified branches/autoquest-core-tasktrees-alignment/src/main/java/de/ugoe/cs/autoquest/tasktrees/temporalrelation/SequenceForTaskDetectionRuleAlignment.java

    r1645 r1649  
    166166                                .generate(appData.getNumberSequences(), submat, 9); 
    167167 
     168                 
     169                 
    168170                // Retrieve all matches reached a specific threshold 
    169171                Console.traceln(Level.INFO, "retrieving significant sequence pieces"); 
     
    203205                                        for (Iterator<Integer> jt = startpositions.iterator(); jt 
    204206                                                        .hasNext();) { 
     207                                                int start = jt.next(); 
     208                                                System.out.println("Found match "); 
     209                                                pattern.getFirstSequence().printSequence(); 
     210                                                pattern.getSecondSequence().printSequence();  
     211                                                System.out.println("in sequence " + (j+1) + " at position " + start); 
    205212                                                pattern.addOccurence( 
    206                                                                 new MatchOccurence(jt.next(), j)); 
     213                                                                new MatchOccurence(start, j)); 
    207214                                        } 
    208215 
     
    366373                                } 
    367374                                appData.getNumber2Task().put(templist.getSequence()[i], taskInstance.getTask()); 
     375                                 
     376                                //System.out.println("TaskID: " + taskInstance.getTask().getId()+ " Numbersequence: " + templist.getSequence()[i]); 
    368377                        } 
    369378                        //Each NumberSequence is identified by its id, beginning to count at zero 
    370                         templist.setId(appData.getNumberSequences().size()); 
     379                        templist.setId(sessionNo-1); 
    371380                        appData.getNumberSequences().add(templist); 
    372381                        comparator.clearBuffers(); 
     
    550559                        } 
    551560                } 
     561                for (int i =0;i<sequence.getChildren().size();i++) { 
     562                        System.out.println(sequence.getChildren().get(i)); 
     563                 
     564                        if(sequence.getChildren().get(i).getType() == "selection") { 
     565                                for(int j=0; j< ((ISelection) sequence.getChildren().get(i)).getChildren().size();j++) { 
     566                                        System.out.println("\t" +((ISelection) sequence.getChildren().get(i)).getChildren().get(j)); 
     567                                } 
     568                        } 
     569                } 
    552570                        return sequence; 
    553571                } 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.