Ignore:
Timestamp:
08/09/14 17:40:11 (10 years ago)
Author:
rkrimmel
Message:

Commit before making dramatic changes. (Not really)

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • branches/autoquest-core-tasktrees-alignment/src/main/java/de/ugoe/cs/autoquest/tasktrees/alignment/matrix/PairwiseAlignmentGenerator.java

    r1630 r1655  
    3131                                                        smithWatermanThreshold); 
    3232                                        alignments.set(i, j, aa); 
    33  
     33                                        //TODO: This is old code used for generating pairwise distances between alignments (to build 
     34                                        // a guide tree 
     35                                        /* 
    3436                                        AlignmentAlgorithm sameSequence1 = AlignmentAlgorithmFactory 
    3537                                                        .create(); 
    … …  
    4547                                                        .shuffle(), submat, 
    4648                                                        smithWatermanThreshold); 
    47  
     49                                         
    4850                                        // Score of the aligmnment 
    4951                                        double score = alignments.get(i, j).getAlignmentScore(); 
    … …  
    6971                                                } 
    7072                                        } 
     73                                        */ 
    7174                                } 
    7275                        } 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.