Ignore:
Timestamp:
09/05/14 20:20:29 (10 years ago)
Author:
rkrimmel
Message:

Added automatically created javadoc, still needs to be commented properly though

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • branches/autoquest-core-tasktrees-alignment/src/main/java/de/ugoe/cs/autoquest/tasktrees/alignment/algorithms/NeedlemanWunsch.java

    r1733 r1734  
     1/* 
     2 *  
     3 */ 
    14package de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.alignment.algorithms; 
    25 
    … …  
    811import de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.alignment.algorithms.Constants; 
    912 
     13// TODO: Auto-generated Javadoc 
     14/** 
     15 * The Class NeedlemanWunsch. 
     16 */ 
    1017public class NeedlemanWunsch implements AlignmentAlgorithm { 
    1118 
    12         /** 
    13          * The first input 
    14          */ 
     19        /** The first input. */ 
    1520        private int[] input1; 
    1621 
    17         /** 
    18          * The second input String 
    19          */ 
     22        /** The second input String. */ 
    2023        private int[] input2; 
    2124 
    22         /** 
    23          * The lengths of the input 
    24          */ 
     25        /** The lengths of the input. */ 
    2526        private int length1, length2; 
    2627 
    … …  
    3132        private MatrixEntry[][] matrix; 
    3233 
     34        /** The alignment. */ 
    3335        private ArrayList<NumberSequence> alignment; 
    3436 
    35         /** 
    36          * Substitution matrix to calculate scores 
    37          */ 
     37        /** Substitution matrix to calculate scores. */ 
    3838        private SubstitutionMatrix submat; 
    3939 
     40        /* (non-Javadoc) 
     41         * @see de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.alignment.algorithms.AlignmentAlgorithm#align(de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.alignment.algorithms.NumberSequence, de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.alignment.algorithms.NumberSequence, de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.alignment.matrix.SubstitutionMatrix, float) 
     42         */ 
    4043        @Override 
    4144        public void align(NumberSequence input1, NumberSequence input2, 
    … …  
    155158        } 
    156159 
     160        /* (non-Javadoc) 
     161         * @see de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.alignment.algorithms.AlignmentAlgorithm#getMatches() 
     162         */ 
    157163        @Override 
    158164        public ArrayList<Match> getMatches() { 
    … …  
    163169        /** 
    164170         * Get the maximum value in the score matrix. 
     171         * 
     172         * @return the max score 
    165173         */ 
    166174        @Override 
    … …  
    180188        } 
    181189 
     190        /* (non-Javadoc) 
     191         * @see de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.alignment.algorithms.AlignmentAlgorithm#printAlignment() 
     192         */ 
    182193        @Override 
    183194        public void printAlignment() { 
    … …  
    210221 
    211222        /** 
    212          * print the dynmaic programming matrix 
     223         * print the dynmaic programming matrix. 
    213224         */ 
    214225        @Override 
    … …  
    232243        } 
    233244 
     245        /** 
     246         * Sets the alignment. 
     247         * 
     248         * @param alignment the new alignment 
     249         */ 
    234250        public void setAlignment(ArrayList<NumberSequence> alignment) { 
    235251                this.alignment = alignment; 
    … …  
    250266        } 
    251267 
     268        /** 
     269         * Traceback. 
     270         */ 
    252271        public void traceback() { 
    253272                MatrixEntry tmp = matrix[length1][length2]; 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.