Changeset 1654


Ignore:
Timestamp:
08/08/14 22:43:30 (10 years ago)
Author:
rkrimmel
Message:

Adding Debug output to find this freaking damn error.

Location:
branches
Files:
6 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • branches/autoquest-core-tasktrees-alignment-test/src/test/java/de/ugoe/cs/autoquest/tasktrees/alignment/algorithms/SmithWatermanRepeatedTest.java

    r1649 r1654  
    2424                AlignmentAlgorithm testalignment1 = AlignmentAlgorithmFactory 
    2525                                .create(); 
     26                 
     27                assertNotNull(testalignment1); 
    2628                testalignment1.align(ns1, ns2,submat,5); 
    2729 
    … …  
    4446                AlignmentAlgorithm testalignment1 = AlignmentAlgorithmFactory 
    4547                                .create(); 
     48                assertNotNull(testalignment1); 
    4649                testalignment1.align(ns1, ns2,submat,5); 
    4750                assertTrue(testalignment1.getAlignmentScore()==5); 
    … …  
    6366                AlignmentAlgorithm testalignment1 = AlignmentAlgorithmFactory 
    6467                                .create(); 
     68                assertNotNull(testalignment1); 
    6569                testalignment1.align(ns1, ns2,submat,4); 
    6670                testalignment1.printDPMatrix(); 
    … …  
    9094                AlignmentAlgorithm testalignment1 = AlignmentAlgorithmFactory 
    9195                                .create(); 
     96                assertNotNull(testalignment1); 
    9297                testalignment1.align(ns1, ns2,submat,3); 
    93                 //assertTrue(testalignment1.getAlignmentScore()==7); 
     98                assertTrue(testalignment1.getAlignmentScore()==1.0); 
    9499                 
    95100                } 

  • branches/autoquest-core-tasktrees-alignment-test/src/test/java/de/ugoe/cs/autoquest/tasktrees/temporalrelation/SequenceForTaskDetectionRuleAlignmentTest.java

    r1650 r1654  
    9797            "}"; 
    9898 
    99         applySessionScopeRule(SequenceForTaskDetectionRule.class, input, output); 
     99        applySessionScopeRule(SequenceForTaskDetectionRuleAlignment.class, input, output); 
    100100    } 
    101101 
    … …  
    171171            "}"; 
    172172 
    173         applySessionScopeRule(SequenceForTaskDetectionRule.class, input, output); 
     173        applySessionScopeRule(SequenceForTaskDetectionRuleAlignment.class, input, output); 
    174174    } 
    175175 

  • branches/autoquest-core-tasktrees-alignment/src/main/java/de/ugoe/cs/autoquest/tasktrees/alignment/algorithms/Match.java

    r1630 r1654  
    6060        } 
    6161 
    62          
     62        /* 
    6363        public void addOccurencesOf(Match m) { 
    6464                LinkedList<MatchOccurence> occ = m.getOccurences(); 
    6565                occurences.addAll(occ); 
    6666        } 
     67        */ 
    6768         
    6869    

  • branches/autoquest-core-tasktrees-alignment/src/main/java/de/ugoe/cs/autoquest/tasktrees/alignment/algorithms/SmithWatermanRepeated.java

    r1649 r1654  
    227227                } 
    228228 
     229                 
    229230                NumberSequence ns1 = new NumberSequence(reversed1.length); 
    230231                NumberSequence ns2 = new NumberSequence(reversed2.length); 
    … …  
    304305                                tmpal.setFirstSequence(tmpns1); 
    305306                                tmpal.setSecondSequence(tmpns2); 
    306                                 tmpal.addOccurence(new MatchOccurence(start,alignment.get(0).getId())); 
    307                                 tmpal.addOccurence(new MatchOccurence(start,alignment.get(1).getId())); 
     307                                //tmpal.addOccurence(new MatchOccurence(start,alignment.get(0).getId())); 
     308                                //tmpal.addOccurence(new MatchOccurence(start,alignment.get(1).getId())); 
    308309                                result.add(tmpal); 
    309310                        } 

  • branches/autoquest-core-tasktrees-alignment/src/main/java/de/ugoe/cs/autoquest/tasktrees/temporalrelation/RuleUtils.java

    r1645 r1654  
    1414 
    1515package de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.temporalrelation; 
     16 
     17import java.util.Iterator; 
    1618 
    1719import de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.treeifc.ISequence; 
    … …  
    9395        ISequenceInstance subsequence = taskFactory.createNewTaskInstance(model); 
    9496         
    95         
     97       for (Iterator<ITaskInstance> it = subsequence.iterator();it.hasNext();) { 
     98           ITaskInstance foo =  it.next(); 
     99           System.out.println(foo); 
     100       } 
    96101         
    97102        System.out.println("Got model: " + model.toString()); 
    98          
    99         
    100103         
    101104        

  • branches/autoquest-core-tasktrees-alignment/src/main/java/de/ugoe/cs/autoquest/tasktrees/temporalrelation/SequenceForTaskDetectionRuleAlignment.java

    r1653 r1654  
    203203                                if (startpositions.size() > 0) { 
    204204                                        NumberSequence tempns = appData.getNumberSequences().get(j); 
    205                                         for(int k=0;k<tempns.getSequence().length;k++) { 
    206                                                 System.out.println(k + ": " + tempns.getSequence()[k]); 
    207                                         } 
     205                                         
    208206                                        for (Iterator<Integer> jt = startpositions.iterator(); jt 
    209207                                                        .hasNext();) { 
    210208                                                int start = jt.next(); 
     209                                                //TODO: Debug Output 
    211210                                                System.out.println("Found match "); 
    212211                                                pattern.getFirstSequence().printSequence(); 
    213212                                                pattern.getSecondSequence().printSequence();  
    214213                                                System.out.println("in sequence " + (j+1) + " at position " + start); 
     214                                                for(int k=0;k<tempns.getSequence().length;k++) { 
     215                                                        System.out.print(k + ": " + tempns.getSequence()[k] + " "); 
     216                                                        System.out.println(appData.getNumber2Task().get(tempns.getSequence()[k])); 
     217                                                } 
    215218                                                pattern.addOccurence( 
    216219                                                                new MatchOccurence(start, j)); 
    … …  
    225228                Comparator<Match> comparator = new Comparator<Match>() { 
    226229                        public int compare(Match m1, Match m2) { 
    227                                 return m2.occurenceCount() - m1.occurenceCount(); // use your 
    228                                                                                                                                         // logic 
     230                                return m2.occurenceCount() - m1.occurenceCount();  
     231                                                                                                                                         
    229232                        } 
    230233                }; 
    231                 Collections.sort(matchseqs, comparator); 
     234                //Collections.sort(matchseqs, comparator); 
    232235                 
    233236 
    … …  
    276279                                        matchseqs.get(i).getFirstSequence().printSequence(); 
    277280                                        matchseqs.get(i).getSecondSequence().printSequence(); 
    278                                         System.out.println(" in session number: " + (oc.getSequenceId()+1) + " at position " + oc.getStartindex() + "-" + (oc.getStartindex()+matchseqs.get(i).getFirstSequence().size())); 
     281                                        System.out.println(" in session number: " + (oc.getSequenceId()+1) + " at position " + (oc.getStartindex()) + "-" + (oc.getStartindex()+matchseqs.get(i).getFirstSequence().size())); 
    279282                                        System.out.println("Printing session: "); 
    280283                                        for(int j=0;j<sessions.get(oc.getSequenceId()).size();j++) { 
    … …  
    356359                ITask task; 
    357360                List<IUserSession> sessions = appData.getSessions(); 
    358                 int sessionNo = 0; 
    359                 for (IUserSession session : sessions) { 
    360                         Console.traceln(Level.FINE, "handling " + (++sessionNo) + ". " 
    361                                         + session); 
     361                for (int j = 0; j< sessions.size();j++) { 
     362                        IUserSession session = sessions.get(j); 
     363         
    362364                        NumberSequence templist = new NumberSequence(session.size()); 
    363365 
    … …  
    380382                        } 
    381383                        //Each NumberSequence is identified by its id, beginning to count at zero 
    382                         templist.setId(sessionNo-1); 
     384                        templist.setId(j); 
    383385                        appData.getNumberSequences().add(templist); 
    384386                        comparator.clearBuffers(); 
    … …  
    562564                        } 
    563565                } 
     566                 
     567                //TODO: Debug output 
    564568                for (int i =0;i<sequence.getChildren().size();i++) { 
    565569                        System.out.println(sequence.getChildren().get(i)); 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.