Changeset 1579 for branches/ralph/src


Ignore:
Timestamp:
06/25/14 22:02:05 (10 years ago)
Author:
rkrimmel
Message:

Code cleanup, removed alot of unneccessary code from pal sources

Location:
branches/ralph/src/main/java/de/ugoe/cs/autoquest/tasktrees
Files:
10 deleted
7 edited
1 moved

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • branches/ralph/src/main/java/de/ugoe/cs/autoquest/tasktrees/alignment/pal/misc/Identifier.java

    r1573 r1579  
    88package de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.alignment.pal.misc; 
    99 
    10 import java.io.Serializable; 
    1110import de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.alignment.pal.util.Comparable; 
    1211 

  • branches/ralph/src/main/java/de/ugoe/cs/autoquest/tasktrees/alignment/pal/tree/FengDoolittleNode.java

    r1577 r1579  
    1414import de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.alignment.algorithms.NumberSequence; 
    1515import de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.alignment.pal.misc.Identifier; 
    16 import de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.alignment.pal.misc.LabelMapping; 
    1716 
    1817 
    … …  
    8988        } 
    9089 
    91         public FengDoolittleNode(Node n, boolean keepIds) { 
    92                 init(n, keepIds); 
    93                 for (int i = 0; i < n.getChildCount(); i++) { 
    94                         addChild(new FengDoolittleNode(n.getChild(i), keepIds)); 
    95                 } 
    96         } 
    97  
    98         public FengDoolittleNode(Node n, LabelMapping lm) { 
    99                 init(n, true, lm); 
    100                 for (int i = 0; i < n.getChildCount(); i++) { 
    101                         addChild(new FengDoolittleNode(n.getChild(i), lm)); 
    102                 } 
    103         } 
    104  
    105          
    106         /** constructor used to clone a node and all children */ 
    107         public FengDoolittleNode(Node n) 
    108         { 
    109                 this(n, true); 
    110         } 
    111  
    112          
    113  
    114         protected void init(Node n) { 
    115                 init(n, true); 
    116         } 
    117         /** 
    118          * Initialized node instance variables based on given Node. 
    119          * children are ignored. 
    120          */ 
    121         protected void init(Node n, boolean keepId) { 
    122                 init(n,keepId,null); 
    123         } 
    124         /** 
    125          * Initialized node instance variables based on given Node. 
    126          * children are ignored. 
    127          * @param lm - may be null 
    128          */ 
    129         protected void init(Node n, boolean keepId, LabelMapping lm) { 
    130                 parent = null; 
    131                 length = n.getBranchLength(); 
    132                 lengthSE = n.getBranchLengthSE(); 
    133                 height = n.getNodeHeight(); 
    134                 if (keepId) { 
    135                         if(lm!=null) { 
    136                                 identifier = lm.getLabelIdentifier(n.getIdentifier()); 
    137                         } else { 
    138                                 identifier = n.getIdentifier(); 
    139                         } 
    140                 } else { identifier = Identifier.ANONYMOUS; } 
    141  
    142                 number = n.getNumber(); 
    143                 sequences = n.getSequences(); 
    144                 child = null; 
    145         } 
    14690 
    14791        /** 

  • branches/ralph/src/main/java/de/ugoe/cs/autoquest/tasktrees/alignment/pal/tree/NodeFactory.java

    r1573 r1579  
    3131                return new FengDoolittleNode(); 
    3232        } 
    33          
    34         /** constructor used to clone a node and all children */ 
    35         public static Node createNode(Node node) 
    36         { 
    37                 return new FengDoolittleNode(node); 
    38         } 
    3933} 

  • branches/ralph/src/main/java/de/ugoe/cs/autoquest/tasktrees/alignment/pal/tree/NodeUtils.java

    r1573 r1579  
    1212 
    1313import de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.alignment.pal.io.FormattedOutput; 
    14 import de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.alignment.pal.misc.BranchLimits; 
    1514import de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.alignment.pal.misc.Identifier; 
    1615 
    … …  
    119118        } 
    120119 
    121         /** 
    122          * determines branch lengths of this and all descendent nodes 
    123          * from heights 
    124          */ 
    125         public static void heights2Lengths(Node node) { 
    126                 heights2Lengths(node, true); //respect minimum 
    127         } 
    128  
    129         /** 
    130          * determines branch lengths of this and all descendent nodes 
    131          * from heights 
    132          */ 
    133         public static void heights2Lengths(Node node, boolean respectMinimum) { 
    134  
    135                 for (int i = 0; i < node.getChildCount(); i++) { 
    136                         heights2Lengths(node.getChild(i)); 
    137                 } 
    138  
    139                 if (node.isRoot()) { 
    140                         node.setBranchLength(0.0); 
    141                 } 
    142                 else { 
    143                         node.setBranchLength(node.getParent().getNodeHeight() - node.getNodeHeight()); 
    144                         if (respectMinimum && (node.getBranchLength() < BranchLimits.MINARC)) 
    145                         { 
    146                                 node.setBranchLength(BranchLimits.MINARC); 
    147                         } 
    148                 } 
    149         } 
    150  
    151         /** 
    152          * determines branch lengths of this node and its immediate descendent nodes 
    153          * from heights. 
    154          */ 
    155         public static void localHeights2Lengths(Node node, boolean respectMinimum) { 
    156  
    157                 for (int i = 0; i < node.getChildCount(); i++) { 
    158                         Node child = node.getChild(i); 
    159  
    160                         child.setBranchLength(node.getNodeHeight() - child.getNodeHeight()); 
    161                 } 
    162  
    163                 if (node.isRoot()) { 
    164                         node.setBranchLength(0.0); 
    165                 } 
    166                 else { 
    167                         node.setBranchLength(node.getParent().getNodeHeight() - node.getNodeHeight()); 
    168                         if (respectMinimum && (node.getBranchLength() < BranchLimits.MINARC)) 
    169                         { 
    170                                 node.setBranchLength(BranchLimits.MINARC); 
    171                         } 
    172                 } 
    173         } 
     120 
    174121 
    175122 

  • branches/ralph/src/main/java/de/ugoe/cs/autoquest/tasktrees/alignment/pal/tree/SimpleTree.java

    r1573 r1579  
    1010 
    1111import java.io.PrintWriter; 
    12 import java.io.Serializable; 
    1312import java.io.StringWriter; 
    14 import java.util.Hashtable; 
     13 
    1514 
    1615import de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.alignment.pal.misc.Identifier; 
    17 import de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.alignment.pal.misc.LabelMapping; 
     16 
    1817 
    1918 
    … …  
    5655        private int numExternalNodes; 
    5756 
    58         /** attributes attached to this tree. */ 
    59         private Hashtable[] attributes = null; 
    60  
    61  
    62  
    6357        /** constructor tree consisting solely of root node */ 
    6458        public SimpleTree() { 
    … …  
    7771                createNodeList(); 
    7872        } 
    79  
    80         /** clone constructor */ 
    81         public SimpleTree(Tree tree) 
    82         { 
    83                 root = new FengDoolittleNode(tree.getRoot()); 
    84                 createNodeList(); 
    85         } 
    86  
    87         /** clone constructor */ 
    88         public SimpleTree(Tree tree, boolean keepIdentifiers) 
    89         { 
    90                 root = new FengDoolittleNode(tree.getRoot(), keepIdentifiers); 
    91                 createNodeList(); 
    92         } 
    93         /** 
    94          * clone constructor 
    95          * @param lm - a label mapping use for translating the original label names into something else 
    96          */ 
    97         public SimpleTree(Tree tree, LabelMapping lm) 
    98         { 
    99                 root = new FengDoolittleNode(tree.getRoot(), lm); 
    100                 createNodeList(); 
    101         } 
    102  
    10373 
    10474 
    … …  
    225195        } 
    226196 
    227         private int getIndex(Node node) { 
    228                 if (node.isLeaf()) return node.getNumber(); 
    229                 return getExternalNodeCount() + node.getNumber(); 
    230         } 
    231  
    232         /** 
    233          * Sets an named attribute for a given node. 
    234          * @param node the node whose attribute is being set. 
    235          * @param name the name of the attribute. 
    236          * @param value the new value of the attribute. 
    237          */ 
    238         public void setAttribute(Node node, String name, Object value) { 
    239                 if (node instanceof AttributeNode) { 
    240                         ((AttributeNode)node).setAttribute(name, value); 
    241                 } else { 
    242                         int index = getIndex(node); 
    243                         if (attributes == null) { 
    244                                 attributes = new Hashtable[getExternalNodeCount() + getInternalNodeCount()]; 
    245                         } 
    246                         if (attributes[index] == null) { 
    247                                 attributes[index] = new Hashtable(); 
    248                         } 
    249                         attributes[index].put(name, value); 
    250                 } 
    251         } 
     197 
     198 
    252199 
    253200        public String toString() { 
    … …  
    258205        } 
    259206 
    260         /** 
    261          * @return an object representing the named attributed for the numbered node. 
    262          * @param node the node being interrogated. 
    263          * @param name the name of the attribute of interest. 
    264          */ 
    265         public Object getAttribute(Node node, String name) { 
    266                 if (node instanceof AttributeNode) { 
    267                         return ((AttributeNode)node).getAttribute(name); 
    268                 } else { 
    269                         int index = getIndex(node); 
    270                         if (attributes == null || attributes[index] == null) { 
    271                                 return null; 
    272                         } 
    273                         return attributes[index].get(name); 
    274                 } 
    275         } 
    276207 
    277208 

  • branches/ralph/src/main/java/de/ugoe/cs/autoquest/tasktrees/alignment/pal/tree/Tree.java

    r1573 r1579  
    5959        void createNodeList(); 
    6060 
    61         /** 
    62          * Sets an named attribute for a given node. 
    63          * @param node the node whose attribute is being set. 
    64          * @param name the name of the attribute. 
    65          * @param value the new value of the attribute. 
    66          */ 
    67         void setAttribute(Node node, String name, Object value); 
    6861 
    69         /** 
    70          * @return an object representing the named attributed for the numbered node. 
    71          * @param node the node being interrogated. 
    72          * @param name the name of the attribute of interest. 
    73          */ 
    74         Object getAttribute(Node node, String name); 
    7562} 

  • branches/ralph/src/main/java/de/ugoe/cs/autoquest/tasktrees/alignment/pal/tree/UPGMAAligningTree.java

    r1578 r1579  
    2929 * @author Alexei Drummond 
    3030 */ 
    31 public class UPGMATree extends SimpleTree 
     31public class UPGMAAligningTree extends SimpleTree 
    3232{ 
    3333        // 
    … …  
    4141         * @param m distance matrix 
    4242         */ 
    43         public UPGMATree(ArrayList<NumberSequence> numberseqs, UPGMAMatrix m) 
     43        public UPGMAAligningTree(ArrayList<NumberSequence> numberseqs, UPGMAMatrix m) 
    4444        { 
    4545                if (m.size() < 2) 

  • branches/ralph/src/main/java/de/ugoe/cs/autoquest/tasktrees/temporalrelation/SequenceForTaskDetectionRuleAlignment.java

    r1578 r1579  
    3131import de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.alignment.matrix.ObjectDistanceSubstitionMatrix; 
    3232import de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.alignment.matrix.UPGMAMatrix; 
    33 import de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.alignment.pal.tree.UPGMATree; 
     33import de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.alignment.pal.tree.UPGMAAligningTree; 
    3434import de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.taskequality.TaskEquality; 
    3535import de.ugoe.cs.autoquest.tasktrees.treeifc.IIteration; 
    … …  
    207207                } 
    208208                //System.out.println(sequenceDistances.toString()); 
    209                 UPGMATree guidetree = new UPGMATree(numberseqs, sequenceDistances); 
     209                UPGMAAligningTree guidetree = new UPGMAAligningTree(numberseqs, sequenceDistances); 
    210210                 
    211211         
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.